肠道菌群失调会引发多方面症状，消化系统会出现腹泻或便秘、腹痛、腹胀；全身会有营养不良、免疫力下降；还会出现皮肤问题以及情绪和睡眠问题，不同人群表现有差异，如儿童、老年人、孕妇等受影响各有特点。
腹泻或便秘：肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌或条件致病菌可能大量繁殖，影响肠道的正常蠕动和吸收功能。例如，当肠道内产气荚膜梭菌等有害菌增多时，可能导致腹泻，表现为大便次数增多、粪便稀薄，严重时可能呈水样便；而当肠道蠕动减慢，有益菌对肠道水分的调节失衡时，可能出现便秘，表现为排便困难、大便干结。不同年龄人群表现可能有差异，儿童肠道菌群尚未完全稳定，更易因菌群失调出现腹泻或便秘，且儿童腹泻可能导致脱水等更严重后果，需密切关注。对于有基础肠道疾病史的人群，如炎症性肠病患者，菌群失调可能使原有的腹泻或便秘症状加重。
腹痛：肠道菌群失调可引起肠道痉挛或炎症反应，从而导致腹痛。疼痛部位多不固定，可为隐痛、胀痛等。在生活方式方面，长期精神紧张、压力大的人群，可能因神经内分泌调节影响肠道菌群，进而更容易出现腹痛症状；而饮食不规律、经常进食辛辣油腻食物的人群，也会增加肠道负担，引发菌群失调相关腹痛。
腹胀：肠道内菌群失调会影响气体的产生和排出，导致肠道内气体积聚，引起腹胀。例如，一些产气杆菌增多时，会使肠道产生过多气体，从而出现腹部胀满的感觉。老年人肠道功能相对较弱，更容易发生菌群失调导致的腹胀，且由于老年人活动量相对较少，胃肠蠕动本身较慢，腹胀症状可能更明显。
全身症状
营养不良：肠道菌群失调会影响营养物质的消化吸收，如维生素、蛋白质、碳水化合物等的吸收障碍。长期的营养不良可能导致体重下降、消瘦、皮肤干燥、头发枯黄等表现。对于婴幼儿来说，肠道菌群失调引起的营养不良会严重影响其生长发育，因为婴幼儿处于快速生长阶段，对营养物质的需求较高，而肠道菌群对其营养吸收起着关键作用；孕妇若出现肠道菌群失调导致营养不良，可能会影响胎儿的正常发育。
免疫力下降：肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会破坏肠道的免疫屏障功能，使人体免疫力降低，容易发生感染性疾病，如呼吸道感染、泌尿系统感染等。老年人由于自身免疫力随年龄增长而下降，再加上可能存在的基础疾病，如糖尿病、高血压等，更容易因肠道菌群失调而进一步降低免疫力，增加感染风险；儿童免疫系统尚未发育完善，肠道菌群失调后免疫力下降，易频繁生病。
其他症状
皮肤问题：部分肠道菌群失调的患者可能出现皮肤问题，如湿疹、痤疮等。这是因为肠道与皮肤通过肠-皮肤轴相互关联，肠道菌群失调会影响体内的代谢产物和免疫调节，进而反映到皮肤上。例如，肠道内某些菌群代谢产生的物质可能通过血液循环影响皮肤状态。对于患有过敏性皮肤病的人群，肠道菌群失调可能是加重病情的一个因素，需要综合考虑肠道菌群情况进行治疗。
情绪和睡眠问题：肠道菌群与大脑之间存在肠-脑轴，肠道菌群失调可能影响神经递质的合成和释放，从而导致情绪波动，如焦虑、抑郁等，以及睡眠障碍，表现为入睡困难、睡眠浅、易惊醒等。长期处于高压力生活方式的人群，本身就容易出现情绪和睡眠问题，而肠道菌群失调会进一步加重这种情况；对于老年人，随着年龄增长，肠道菌群发生变化，若出现菌群失调，更易伴随情绪和睡眠方面的问题。
