先天性无阴道成因包括苗勒氏管发育异常即双侧未融合或融合不全致阴道未正常发育、部分患者存染色体核型异常干扰生殖系统分化发育致阴道缺失、有家族遗传倾向影响苗勒氏管正常发育、孕期接触致畸物质等不良环境干扰苗勒氏管发育。
一、苗勒氏管发育异常
在胚胎发育过程中，双侧苗勒氏管的正常融合是阴道形成的关键。若双侧苗勒氏管未融合或融合不全，则会导致阴道未能正常发育形成，这是先天性无阴道最主要的胚胎发育层面的原因。一般认为，胚胎发育至第6-12周时，苗勒氏管的融合过程出现异常，就会引发阴道发育缺陷。
二、染色体异常因素
部分先天性无阴道患者存在染色体核型异常，例如45，X/46，XX等嵌合型染色体异常。染色体异常会干扰生殖系统正常的分化发育程序，使得苗勒氏管的发育受阻，进而导致阴道先天性缺失。这种染色体异常具有遗传物质层面的根源，会从根本上影响胚胎期生殖系统的构建。
三、遗传因素
有研究提示先天性无阴道可能存在家族遗传倾向。某些特定的遗传基因缺陷可能在家族中传递，当胚胎携带相关缺陷基因时，会影响苗勒氏管的正常发育过程。虽然具体的遗传模式尚未完全明确，但家族中若有先天性无阴道患者，其后代患病风险可能相对增高，这体现了遗传因素在发病中的潜在作用。
四、环境因素
在胚胎发育的关键时期，孕妇接触某些致畸物质（如某些化学毒物）、受到辐射等不良环境影响，可能干扰苗勒氏管的正常发育。例如，孕妇在妊娠早期接触高浓度的放射性物质，可能破坏胚胎细胞的正常分裂和分化，导致苗勒氏管发育异常，最终引发先天性无阴道。这种环境因素是外部可干预的潜在致病诱因，需引起对孕期环境安全的重视。
