小儿癫痫会带来多方面危害，在认知与心理发育方面，长期频繁发作可能致约30%-40%患儿智力低下，还会使患儿出现自卑、抑郁等心理问题，影响婴幼儿语言等认知能力；在身体机能方面，频繁发作影响运动功能，致运动发育迟缓等，对神经系统损害持续，每次发作损伤神经元，长期可致结构和功能改变，癫痫持续状态还可能危及生命；在生活质量方面，显著降低患儿生活质量，限制活动范围，影响社交，使生活充满限制和不便。
身体机能方面的危害
运动功能：频繁的癫痫发作可能影响小儿的运动功能。部分癫痫类型，如婴儿痉挛症等，会导致患儿出现运动发育迟缓，表现为坐、站、走等大运动发育落后于同龄儿童，还可能出现肢体的不自主运动等情况。例如，一些患儿在发作时可能出现肢体的抽搐、强直等运动异常表现，长期下来会影响其正常的运动协调能力，导致在日常活动中容易摔倒等情况，进一步影响其身体机能的正常发展。
神经系统：癫痫发作对神经系统的损害是持续存在的。每次癫痫发作都会对大脑神经元造成一定程度的损伤，长期积累可能导致神经系统结构和功能的改变。比如，会影响大脑的神经传导通路，使得神经信号传递出现紊乱，进而影响小儿的各种神经相关功能，如感觉、反射等功能。而且，癫痫持续状态是一种非常危险的情况，若不能及时控制，可能会导致脑缺氧、脑水肿等严重的神经系统并发症，甚至危及生命，对于小儿来说，其神经系统尚未完全发育成熟，更易受到这种严重并发症的损害。
生活质量方面的危害
小儿癫痫会显著降低患儿的生活质量。在日常生活中，由于担心癫痫发作，患儿的活动范围会受到限制，不能像正常儿童一样自由参与各种活动，如不能独自去较远的地方、不能参加一些有危险性的体育活动等。在社交方面，因为癫痫发作的不确定性，患儿可能在社交场合中感到尴尬和不自在，影响其正常的人际交往，进而影响其心理状态，形成一个恶性循环，严重影响其整体的生活质量，包括学习、社交、日常活动等多个方面，使得患儿的生活充满诸多限制和不便，对其身心健康发展极为不利。
