原发性癫痫的发生与遗传因素、脑部发育异常、脑部神经元异常放电的启动和传播机制有关。遗传因素使家族中有癫痫患者时亲属患病风险增高；脑部发育异常包括胚胎期受不良因素影响及出生时的不良事件；脑部神经元异常放电的启动和传播机制涉及离子通道功能异常及神经递质失衡，不同年龄人群受这些因素影响癫痫发生情况不同。
脑部发育异常
胚胎期因素：在胚胎发育过程中，如受到感染、放射线照射、药物等不良因素影响，可能导致胎儿脑部结构发育异常。例如，神经管发育缺陷等情况，会使大脑的神经元连接和结构出现异常，为原发性癫痫的发生埋下隐患。这种情况在胎儿期就已存在潜在的发病基础，出生后随着年龄增长，当脑部发育到一定阶段，可能就会触发癫痫发作，不同年龄阶段的脑部发育状态差异可能影响发作的表现和频率等。
出生时因素：早产、低出生体重、新生儿窒息等出生时的不良事件也可能导致脑部发育异常相关的原发性癫痫。早产儿的脑部各部分发育尚未完全成熟，低出生体重可能意味着脑部营养供应等方面存在不足，新生儿窒息会造成脑部缺氧缺血，这些因素都可能损伤神经元，影响脑部正常的生理功能，从而增加原发性癫痫的发病风险，不同出生情况的婴儿在成长过程中，随着脑部进一步发育，癫痫发作的可能性会因早期脑部受影响的程度而有所不同。
脑部神经元异常放电的启动和传播机制
离子通道功能异常：神经元的正常电活动依赖于离子通道的精确调控。当离子通道相关基因发生突变时，会导致离子通道功能异常。例如，钠离子通道、钾离子通道等功能异常，可使神经元的膜电位不稳定，容易产生异常的去极化，从而引发神经元的异常放电。这种离子通道功能的异常在不同年龄的人群中都可能存在，儿童时期如果离子通道相关基因发生突变，就可能在相应的生理阶段出现癫痫发作，而成人时期同样可能因离子通道功能异常导致原发性癫痫的发生。
神经递质失衡：神经递质在神经元之间的信号传递中起着关键作用。如γ-氨基丁酸（GABA）是一种重要的抑制性神经递质，当GABA系统功能减退时，抑制性信号传递减弱，就容易导致神经元的异常兴奋，引发癫痫发作。而谷氨酸作为兴奋性神经递质，其功能相对增强时也可能打破神经元兴奋与抑制的平衡。不同年龄阶段的个体，神经递质系统的发育和功能状态不同，例如儿童时期神经递质系统尚在不断完善中，相对更容易出现神经递质失衡相关的原发性癫痫，而成人时期如果由于某些因素导致神经递质失衡，也会增加患病风险。
