真菌性脑炎一般表现为持续性低热或中度发热、头痛、乏力及食欲减退等全身不适；神经系统症状包括意识障碍（轻者嗜睡、重者昏迷）、癫痫发作（部分或全身性）、脑膜刺激征（颈项强直、克氏征及布氏征阳性）、局灶性神经功能缺损（依侵犯部位现相应症状如隐球菌性脑炎致脑积水等）；儿童患者少见但发病后意识障碍早且进展快伴呕吐、前囟饱满；老年人免疫低下时发热不典型且认知功能障碍突出；免疫低下人群表现隐匿进展迅速易合并其他机会性感染。
一、一般症状表现
真菌性脑炎患者常出现发热，多为持续性低热或中度发热，此与真菌感染引发机体免疫反应相关；伴有头痛，疼痛程度不一，可为胀痛、跳痛等，因颅内炎症刺激脑膜及神经所致；还可有乏力、食欲减退等全身不适症状，系全身炎症反应影响机体代谢与功能。
二、神经系统症状表现
1.意识障碍：轻者表现为嗜睡，对周围环境反应迟钝，呼唤或刺激时可短时间清醒；重者出现昏迷，意识完全丧失，对各种刺激均无反应，乃真菌侵犯中枢神经系统，影响大脑高级神经功能所致。
2.癫痫发作：可呈部分性发作或全身性发作，部分性发作表现为肢体局部抽搐、感觉异常等，全身性发作则为全身肌肉强直性收缩、意识丧失、口吐白沫等，系真菌性炎症刺激脑神经元，致神经元异常放电引发。
3.脑膜刺激征：颈项强直常见，仰卧位被动屈颈出现抵抗；克氏征阳性，即仰卧时一侧髋关节屈成直角后膝关节不能伸直；布氏征阳性，仰卧前屈其颈时发生双侧髋关节和膝关节屈曲，此因炎症累及脑膜，刺激神经根引起。
4.局灶性神经功能缺损：依真菌侵犯脑部位不同出现相应局灶症状，如累及运动区致对侧肢体肌力减退、偏瘫；累及语言中枢致失语等。例如隐球菌性脑炎常好发于脑底部，可引起脑积水，进而致颅内压增高相关局灶表现及影响脑神经功能，出现视力下降、复视等。
三、不同人群的表现差异
1.儿童患者：真菌性脑炎在儿童中相对少见，发病后意识障碍出现较早且进展较快，因儿童神经系统发育不完善，对炎症耐受与代偿能力弱；还可伴有呕吐，由颅内压增高刺激呕吐中枢所致，且可能出现前囟饱满，因儿童颅骨骨缝未完全闭合，颅内压增高致前囟膨出。
2.老年人患者：老年人免疫功能相对低下，真菌性脑炎发热症状可能不典型，低热或无明显发热常见；神经系统症状中认知功能障碍更突出，除意识障碍外，可出现记忆力减退、定向力障碍等，与老年人本身脑萎缩等基础情况及真菌对脑实质慢性损害有关。
3.免疫低下人群（如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者）：真菌性脑炎表现隐匿且病情进展迅速。因免疫功能严重受损，机体对真菌清除能力减弱，炎症反应不典型，但神经系统症状出现后恶化较快。例如艾滋病合并隐球菌性脑炎时，患者可在较短时间内出现严重意识障碍、颅内压急剧增高，且易合并其他机会性感染，致病情复杂化。
