脑炎的鉴别需从发热、神经系统症状及其他伴随症状三方面进行。发热方面，脑炎早期多为低热到中度发热，部分高热，持续且不易用普通退热措施控制，与普通感冒发热不同；神经系统症状包括头痛（脑炎致持续性、进行性加重且止痛药难完全缓解，与偏头痛不同）、呕吐（多为喷射性与进食无关，与胃肠道疾病呕吐不同）、意识改变（早期意识模糊，随病情进展可嗜睡、昏睡、昏迷，老年人表现不典型）；其他伴随症状有精神行为异常（因脑部炎症致神经递质平衡受影响，与普通情绪波动不同）、癫痫发作（脑部炎症致神经元异常放电，与原发性癫痫不同且多有脑炎相关基础）。
一、发热相关症状鉴别
脑炎早期常出现发热症状，一般为低热到中度发热，但也有部分患者可出现高热情况。与普通感冒发热不同，脑炎引起的发热可能会持续存在且不易通过普通退热措施完全控制。例如一些病毒性脑炎患者，发热可能会反复，且同时可能伴有头痛、呕吐等其他伴随症状，而普通感冒发热通常有明确受凉等诱因，单纯退热后体温可较快恢复正常且伴随症状相对单一。对于儿童患者，由于其体温调节中枢发育不完善，脑炎引起的发热可能更需密切关注，因为儿童可能在较低体温时就出现精神萎靡等脑炎相关表现。
二、神经系统症状鉴别
1.头痛
脑炎引起的头痛多为持续性、进行性加重的头痛，疼痛程度可能较剧烈，且一般止痛药难以完全缓解。与偏头痛等原发性头痛不同，偏头痛多有反复发作史，疼痛性质多为搏动性，且一般有诱因如劳累、情绪波动等，而脑炎导致的头痛是由颅内炎症刺激脑膜或脑组织引起，会随病情进展而变化。对于不同年龄段患者，儿童可能无法准确表达头痛程度，但会表现出烦躁不安、哭闹不止等情况，成人则能明确诉说头痛的性质和部位变化。
2.呕吐
脑炎引起的呕吐多为喷射性呕吐，与进食无关。这是因为颅内压升高导致的。而一般胃肠道疾病引起的呕吐多与饮食相关，呕吐前多有恶心等先兆，且呕吐物多为胃内容物。在婴幼儿中，脑炎引起的喷射性呕吐可能更容易被家长忽视，因为婴幼儿可能本身就有吐奶情况，但如果是无明显诱因的喷射性呕吐则需高度警惕脑炎可能。
3.意识改变
早期脑炎患者可能出现意识模糊，表现为对周围环境的反应迟钝，注意力不集中。随着病情进展，可能出现嗜睡、昏睡甚至昏迷。与正常的睡眠状态不同，脑炎导致的意识改变是病理性的，且会逐渐加重。对于老年人，本身基础疾病较多，出现意识改变时更要考虑脑炎等中枢神经系统疾病的可能，因为老年人对疾病的耐受和表现可能不典型。
三、其他伴随症状鉴别
1.精神行为异常
部分脑炎患者会出现精神行为异常，如情绪烦躁、易激动、性格改变等。与普通的情绪波动不同，脑炎引起的精神行为异常是由于脑部炎症影响了神经递质等的平衡。例如病毒性脑炎患者可能在早期出现类似精神分裂症样的表现，但有明确的发热等脑炎相关基础。对于儿童患者，精神行为异常可能表现为原本活泼的孩子突然变得安静、不爱玩耍等，需要家长密切观察。
2.癫痫发作
少数脑炎患者早期可能出现癫痫发作，表现为肢体抽搐、口吐白沫等。这是因为脑部炎症导致神经元异常放电。与原发性癫痫不同，脑炎引起的癫痫发作多有明确的脑部炎症基础，且在癫痫发作前后可能有发热、头痛等脑炎相关症状。对于有癫痫家族史的人群，出现癫痫发作时更要排查脑炎等继发性因素。
