自主神经功能紊乱可引发多系统症状，心血管系统表现为心悸、胸闷；消化系统有食欲减退、腹胀、便秘或腹泻；泌尿系统出现尿频、尿急；神经系统可见头痛、头晕；其他症状包括皮肤多汗或无汗、手脚冰凉或发热等，不同年龄段、性别、生活方式及有基础病史人群发生风险有差异。
一、心血管系统症状
可表现为心悸，患者自觉心跳加快、心慌，这是由于自主神经功能紊乱影响了心脏的神经调节，导致心脏搏动的节律或频率异常。在年龄方面，不同年龄段的人群均可发生，但对于儿童，若出现此症状可能与先天神经发育或近期感染等因素有关；性别上无明显特异性差异；生活方式方面，长期熬夜、过度劳累的人群更容易出现；有心脏基础疾病或神经系统疾病病史的人群发生自主神经功能紊乱出现心血管系统症状的风险相对较高。例如有研究表明，长期精神压力大的人群中自主神经功能紊乱导致心悸等心血管症状的发生率明显高于精神压力小的人群。还可出现胸闷，患者感觉胸部有压迫感、闷塞感，这是因为自主神经失调影响了心血管的血液循环调节，使心肌供血、供氧受到一定影响。
二、消化系统症状
常见食欲减退，患者进食欲望降低，这与自主神经对胃肠道蠕动和消化液分泌的调节失常有关。对于儿童，食欲减退可能影响其生长发育，需特别关注；在生活方式上，饮食不规律、暴饮暴食的人群易出现；有胃肠道疾病病史的人群发生自主神经功能紊乱导致消化系统症状的可能性增加。还可出现腹胀，患者感觉腹部胀满不适，是由于胃肠道蠕动减慢，食物排空延迟所致。另外，还可能有便秘或腹泻等排便习惯的改变，这是因为自主神经功能紊乱影响了肠道的神经支配，导致肠道蠕动和分泌功能紊乱。比如长期焦虑的人群，更容易出现自主神经功能紊乱引起的消化系统排便习惯改变。
三、泌尿系统症状
表现为尿频，患者排尿次数明显增多，这是因为自主神经功能紊乱影响了膀胱的神经调节，导致膀胱逼尿肌和括约肌的功能失调。年龄较大的人群可能因前列腺增生等基础疾病与自主神经功能紊乱相互影响而更易出现尿频；女性在特殊生理时期如更年期，由于体内激素变化，自主神经功能不稳定，也较易出现泌尿系统症状；生活方式中饮水过多或过少都可能影响，但自主神经功能紊乱导致的尿频与单纯饮水因素不同；有泌尿系统疾病或神经系统疾病病史的人群发生风险较高。还可能出现尿急，患者有强烈的排尿意愿，难以控制，也是自主神经对膀胱控制失调的表现。
四、神经系统症状
头痛较为常见，疼痛程度和性质多样，这是因为自主神经功能紊乱影响了头部血管和神经的调节。儿童头痛可能与学习压力、睡眠不足等因素相关；不同性别头痛的发生率无显著差异，但女性在生理期等特殊时期可能因激素变化加重头痛；长期精神紧张、睡眠质量差的人群易出现；有偏头痛等神经系统病史的人群更易发生自主神经功能紊乱相关头痛。还可出现头晕，患者感觉头部昏沉、眩晕，是由于自主神经失调影响了脑部的血液供应和平衡调节。
五、其他症状
皮肤方面可表现为多汗，分为多汗或无汗，这是自主神经对汗腺分泌调节失常导致。例如有的患者会出现半身多汗，与自主神经分布异常有关；在年龄上，儿童汗腺发育尚不完善，自主神经功能紊乱引起的多汗表现可能与成人不同；生活方式中高温环境下更易凸显自主神经功能紊乱导致的多汗情况；有内分泌疾病病史的人群可能因激素失衡影响自主神经功能进而出现皮肤多汗或无汗症状。还可能有手脚冰凉或发热等体温调节异常的表现，是自主神经功能紊乱影响了外周血管的舒缩和体温调节中枢的功能。
