细胞来源、采集过程、移植后植入时间及适用疾病方面，骨髓移植造血干细胞源于骨髓，采集复杂、植入久，适用于部分血液系统疾病；造血干细胞移植来源更广泛，外周血造血干细胞采集创伤小、植入短，脐带血造血干细胞有细胞量等问题，且各自在适用疾病上有不同特点。
一、细胞来源方面
1.骨髓移植：骨髓移植的造血干细胞主要来源于骨髓组织，需要通过骨髓穿刺的方式获取骨髓液，其中含有丰富的造血干细胞。一般是从供者的髂骨等部位抽取骨髓，这个过程可能会给供者带来一定的痛苦，且抽取量有限。对于儿童等特殊人群，骨髓穿刺的操作风险相对更高，因为儿童的骨髓穿刺部位相对较小，操作难度较大。
2.造血干细胞移植：造血干细胞移植的造血干细胞来源更广泛，除了骨髓来源外，还可以是外周血造血干细胞和脐带血造血干细胞。外周血造血干细胞是通过应用粒细胞集落刺激因子等药物，促使造血干细胞从骨髓释放到外周血中，然后通过血细胞分离机采集外周血中的造血干细胞，这种方式对供者的创伤较小，恢复较快。对于年龄较小的儿童，外周血造血干细胞采集相对骨髓移植更具优势，因为其对身体的影响较小。脐带血造血干细胞则是来自于新生儿脐带和胎盘的血液，储存的脐带血可以为有需要的患者提供造血干细胞来源，尤其对于一些家族中有特定遗传疾病的儿童，提前储存脐带血可能在未来提供治疗机会，且脐带血移植的排异反应相对可能较低，但存在细胞数量有限等问题，对于体重较大、病情较严重的患者可能不太适用。
二、采集过程方面
1.骨髓移植：骨髓移植采集骨髓时，需要在供者的麻醉下进行骨髓穿刺，获取骨髓的过程较为复杂，供者术后恢复时间相对较长，可能会出现疼痛、感染等并发症风险。对于女性患者，在月经期间可能会影响骨髓穿刺的操作及术后恢复，需要谨慎评估。
2.造血干细胞移植：外周血造血干细胞采集是通过机器分离外周血中的造血干细胞，供者在采集过程中相对舒适，术后恢复快，并发症风险较低。脐带血造血干细胞采集则是在新生儿出生时进行，相对比较简单，对新生儿和产妇没有额外的伤害，储存脐带血需要考虑合适的储存机构等因素，对于有家族遗传病史的家庭，提前规划脐带血储存很重要。
三、移植后的植入时间方面
1.骨髓移植：骨髓移植后造血干细胞的植入时间相对较长，一般需要2-3周甚至更长时间，这期间患者需要严格的层流病房护理等，以预防感染等并发症。对于儿童患者，由于其免疫系统相对较弱，植入时间过长会增加感染等风险，需要更加密切的监测和护理。
2.造血干细胞移植：外周血造血干细胞移植后植入时间相对较短，一般1-2周左右即可植入，脐带血造血干细胞移植的植入时间可能因细胞数量等因素有所不同，相对骨髓移植稍长，但总体也比传统骨髓移植的植入时间要短一些。对于老年患者，由于其身体机能相对较弱，植入时间可能会受到一定影响，需要加强支持治疗。
四、适用疾病方面
1.骨髓移植：骨髓移植适用于一些血液系统恶性肿瘤，如急性白血病、慢性粒细胞白血病等，还适用于一些非恶性疾病，如重型再生障碍性贫血等。对于患有血液系统恶性肿瘤的儿童患者，骨髓移植是重要的治疗手段之一，但需要考虑供者的匹配等问题。
2.造血干细胞移植：造血干细胞移植除了适用于上述骨髓移植适用的疾病外，由于外周血造血干细胞和脐带血造血干细胞的特点，在一些需要快速重建造血功能的情况下更具优势。例如，对于一些病情进展较快的血液系统恶性肿瘤患者，外周血造血干细胞移植可以更快地恢复造血功能。对于一些特殊类型的免疫缺陷病患儿，脐带血造血干细胞移植可能是一种合适的治疗选择，但需要根据患儿的具体病情和脐带血的匹配情况来决定。
