药物流产可能出现流产不全、感染、月经失调、宫腔粘连等后遗症，流产不全约10%左右，影响子宫收缩致出血异常；感染因流血久不注意卫生等，可致发热腹痛等；月经失调可致周期和经量异常；宫腔粘连因严重感染或子宫损伤，可致闭经腹痛等且影响受孕，年龄大、孕次多、生活不规律、多次药流等人群风险更高。
流产不全：药物流产的完全流产率约为90%左右，若妊娠组织物未完全排出，可影响子宫收缩，导致阴道流血时间延长、出血量增多，甚至引发大出血。超声检查可发现宫腔内有残留组织。例如相关研究表明，药物流产后约有10%左右的患者会出现流产不全的情况。年龄较大、孕次较多的女性发生流产不全的风险相对更高，因为其子宫收缩力可能相对较弱，影响妊娠组织物的排出。
感染：药物流产过程中阴道流血时间较长，若不注意卫生或过早性生活等，容易引起宫腔感染，出现发热、腹痛、阴道分泌物有异味等症状。感染可能向上蔓延，引起盆腔炎等更严重的妇科疾病。一般来说，术后阴道流血超过2周、有异味且伴有腹痛等表现时需警惕感染。生活不规律、自身抵抗力较差的女性发生感染的风险较高，比如长期熬夜、营养不良的女性。
月经失调：药物流产可能会影响卵巢的正常功能，导致月经周期紊乱、月经量异常等。部分女性在药物流产后会出现月经量增多或减少、月经周期延长或缩短等情况。这种月经失调通常需要一段时间来恢复，但也有部分女性可能长期存在月经不调的问题。有过多次药物流产史或本身存在内分泌紊乱基础的女性，月经失调的发生风险更高。
宫腔粘连：如果药物流产后发生了较严重的感染或子宫损伤，可能会导致宫腔粘连。宫腔粘连可引起闭经、周期性腹痛等症状，还可能影响今后的受孕，导致不孕或反复流产等情况。例如，严重的宫腔感染未得到及时有效的治疗，就可能增加宫腔粘连的发生几率。有宫腔操作史（包括多次药物流产）、术后感染控制不佳的女性是宫腔粘连的高危人群。
