过敏性胃肠炎首要由食物中变应原刺激引发，机体接触变应原后免疫启动特异性应答，遗传易感性起重要作用，环境因素也可协同参与其发生，包括影响肠道免疫稳态、破坏黏膜屏障、影响肠道菌群平衡等。
一、食物因素引发
过敏性胃肠炎首要原因是食物中的变应原刺激。常见引发过敏的食物包括牛奶（其中酪蛋白、乳清蛋白是主要变应原）、鸡蛋（卵清蛋白等为常见变应原）、大豆、小麦、花生、坚果等。婴幼儿由于肠道屏障功能尚未完全发育成熟，对食物蛋白的通透性较高，更易因摄入这类食物而引发免疫反应，导致胃肠道出现炎症等过敏性表现。
二、免疫机制介导
机体接触食物变应原后，免疫系统启动特异性免疫应答。在过敏体质个体中，变应原作为抗原刺激机体免疫系统，诱导B淋巴细胞产生特异性IgE抗体，IgE抗体与肥大细胞和嗜碱性粒细胞表面的受体结合，当再次接触相同变应原时，变应原与细胞表面的IgE结合，促使肥大细胞和嗜碱性粒细胞脱颗粒，释放组胺、白三烯等炎性介质，引发胃肠道黏膜的炎症反应，如出现水肿、渗出等，进而导致过敏性胃肠炎的一系列症状，如腹泻、呕吐、腹痛等。
三、遗传因素影响
遗传易感性在过敏性胃肠炎的发生中起到重要作用。如果家族中有过敏史，如父母一方或双方患有过敏性疾病（如过敏性鼻炎、哮喘等），子代患过敏性胃肠炎的风险会显著升高。研究表明，某些基因的多态性与机体的免疫调节功能相关，携带特定基因变异的个体更易对食物变应原产生过度的免疫反应，从而增加患过敏性胃肠炎的几率。
四、环境因素协同
环境因素也可能参与过敏性胃肠炎的发生。例如，长期暴露于污染的空气、接触某些化学物质等，可能影响肠道的免疫稳态。此外，肠道感染等因素可能破坏肠道黏膜屏障，使原本不易通过的食物变应原更容易进入机体，从而诱发免疫反应，导致过敏性胃肠炎的发生。同时，婴幼儿时期的喂养方式、抗生素使用等也可能通过影响肠道菌群平衡，间接影响肠道免疫功能，增加过敏性胃肠炎的发病风险。
