药物流产存在诸多危害，包括出血时间长易致贫血，流产不全可能引发感染及影响生育功能，感染风险因出血时间长及个人卫生等因素增加，反复药物流产还会显著提高今后不孕的风险，对不同女性群体都有不良影响。
药物流产时子宫收缩可能导致出血时间较长，一般出血时间可达1-2周，甚至更长。有研究显示，药物流产后阴道出血量超过月经量的比例约为5%-10%。长时间的阴道出血会增加贫血的风险，尤其对于本身有贫血倾向或者营养状况不佳的女性，可能会出现头晕、乏力等症状。对于年龄较小的女性，身体处于发育阶段，长时间出血可能影响正常的生理状态和身体恢复。
流产不全
药物流产存在流产不全的风险，概率约为10%-15%。如果胚胎组织残留于宫腔内，会影响子宫收缩，导致持续出血、腹痛，还可能引发宫腔感染。宫腔感染若未及时控制，可能向上蔓延引起盆腔炎等疾病，严重时会影响今后的生育功能。对于有过宫腔手术史、子宫畸形等病史的女性，流产不全的发生率可能相对更高。例如，有过人工流产史的女性再次药物流产时，子宫腔内的解剖结构可能发生一定改变，增加了残留的可能性。
感染风险
药物流产过程中阴道出血时间长，宫颈口处于开放状态，细菌容易逆行感染。一旦发生感染，可引起子宫内膜炎、输卵管炎等。感染的发生与个人卫生状况密切相关，若流产后不注意外阴清洁，过早性生活等，都会增加感染的几率。对于免疫力较低的女性，如患有糖尿病等基础疾病的女性，感染的风险更高，且感染后病情可能更难控制，恢复时间也会延长。
对今后生育的影响
反复药物流产可能对今后的生育产生不良影响。流产不全、感染等情况都可能导致输卵管堵塞、宫腔粘连等，从而引起继发性不孕。有过多次药物流产史的女性，今后发生不孕的风险比未做过药物流产的女性显著升高。对于年轻女性，未来还有生育计划，多次药物流产带来的生育风险更应引起重视，可能会因为输卵管问题等导致无法顺利受孕，给个人和家庭带来心理和生理上的双重压力。
