诊断百日咳的方法包括临床表现、病原学检查、血清学检查等。
1.临床表现
百日咳的典型临床表现可分为卡他期、痉咳期和恢复期。卡他期表现为流涕、打喷嚏、咳嗽等上呼吸道感染症状，持续1-2周。痉咳期是百日咳的特征性表现，咳嗽呈阵发性、痉挛性，咳嗽剧烈时伴有鸡鸣样吸气吼声，昼轻夜重，咳嗽可持续数周至数月。恢复期咳嗽逐渐减轻，但遇到烟雾、冷空气等刺激仍可诱发咳嗽。根据典型的临床表现，可初步怀疑百日咳。
2.病原学检查
采集患者的鼻咽部分泌物进行细菌培养，如果培养出百日咳鲍特菌，可确诊百日咳。但细菌培养的阳性率较低，且培养时间较长，一般需要5-7天。此外，还可采用聚合酶链反应（PCR）技术检测鼻咽部分泌物中的百日咳鲍特菌核酸，该方法具有快速、敏感、特异等优点，可在短时间内得出结果。
3.血清学检查
在疾病早期和恢复期分别采集患者的血清，检测血清中百日咳特异性抗体（如IgM、IgG）的滴度变化。如果恢复期血清抗体滴度较早期升高4倍及以上，具有诊断意义。但血清学检查受多种因素影响，如患者既往接种过百日咳疫苗等，可能会出现假阳性或假阴性结果。
