皮脂腺囊肿主要是因皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀形成，其成因包括毛囊皮脂腺开口堵塞、皮脂腺分泌旺盛、皮肤损伤，如毛囊皮脂腺开口受角化过度等堵塞、青春期激素致分泌旺盛且排泄管堵易发病、皮肤受外伤感染致排泄管受损等。
毛囊皮脂腺开口堵塞：皮肤表面的毛囊皮脂腺开口处如果受到角化过度、灰尘堵塞等情况，会导致皮脂腺的分泌物无法正常排出，从而在局部积聚形成囊肿。例如，长期不注意面部清洁的人群，面部皮肤的毛囊皮脂腺开口容易被灰尘、角质等堵塞，增加了皮脂腺囊肿的发生风险。不同年龄阶段的人群都可能出现这种情况，儿童如果面部清洁不当，也可能发生毛囊皮脂腺开口堵塞进而引发皮脂腺囊肿；对于成年人，不良的生活习惯如长期熬夜、饮食不规律等可能会影响皮肤的新陈代谢，也会增加毛囊皮脂腺开口堵塞的几率。
皮脂腺分泌旺盛：某些因素导致皮脂腺分泌过于旺盛，如青春期人群由于体内激素水平变化，雄激素分泌增加，会使皮脂腺功能活跃，分泌大量皮脂。如果同时存在排泄管堵塞的情况，就更容易形成皮脂腺囊肿。青春期男性和女性都可能受到激素水平变化的影响，导致皮脂腺分泌旺盛，进而增加患病风险。女性在月经周期等生理阶段，激素水平波动也可能影响皮脂腺的分泌功能，若此时皮脂腺排泄管不畅，就容易引发皮脂腺囊肿。
皮肤损伤：皮肤受到外伤、感染等损伤时，可能会导致皮脂腺排泄管受损，进而影响皮脂的正常排出。例如，皮肤受到擦伤、抓伤等，伤口愈合过程中可能会导致皮脂腺排泄管堵塞，从而引发皮脂腺囊肿。不同性别在皮肤受到损伤的几率上可能存在一定差异，男性由于从事一些体力劳动等原因，皮肤更容易受到外伤，相对来说发生皮脂腺囊肿的风险可能会有所不同；而女性如果在日常生活中不注意保护皮肤，如化妆后清洁不彻底等，也可能导致皮肤损伤引发皮脂腺囊肿。此外，有皮肤病史的人群，皮肤的屏障功能可能已经受损，更容易在受到损伤后出现皮脂腺排泄管堵塞的情况，进而引发皮脂腺囊肿。
