眼窝深的原因包括遗传因素致先天解剖学差异、年龄增长致眶脂肪萎缩及支撑结构松弛、消瘦体质使面部脂肪减少、眼部外伤或手术致组织损伤或结构改变、疾病致眶内结构改变或组织代谢异常、长期佩戴不合适眼镜致组织适应性改变且影响较次要。
一、遗传因素
眼窝的形态受遗传基因影响较大。若家族中亲属存在眼窝较深的情况，个体遗传相关基因后，眼部骨骼结构（如眼眶骨的形态）及软组织分布特点可能与家族中眼窝深的人相似，这是先天形成眼窝深的常见原因，属于基因决定的解剖学差异范畴。
二、年龄因素
随着年龄增长，眼部周围的眶脂肪会逐渐发生生理性萎缩，同时眼部皮肤、肌肉等支撑结构也会出现松弛现象。例如老年人，眶内脂肪量减少，对眼球的支撑作用减弱，眼窝就会相对显得更深，这是机体衰老在眼部表现的一部分，是一种自然的生理退变过程。
三、消瘦体质
当人体处于消瘦状态时，全身脂肪储备不足，面部脂肪也会相应减少，眼窝周围的脂肪作为面部脂肪的一部分，同样会减少，从而使得眼窝看起来更深。比如长期节食减肥、患有消耗性疾病（如恶性肿瘤、严重营养不良等）导致体重过低的人群，易出现因体脂匮乏引发的眼窝深情况。
四、眼部外伤或手术因素
眼部受到外伤后，可能导致眼窝周围的组织损伤、出血、瘢痕形成等，进而改变眼窝的正常解剖结构，使眼窝显得更深；此外，眼部手术过程中，若涉及眶内脂肪、软组织的去除过多等操作，也会改变眼窝的形态，造成眼窝深的外观改变。
五、疾病因素
某些疾病也可能导致眼窝深。例如眼眶内肿瘤，肿瘤的生长可能会占据眶内空间，改变眼窝的正常结构；甲状腺相关眼病等疾病，可引起眼部组织的代谢异常、眼外肌及眶内脂肪等病变，从而影响眼窝的外观，导致眼窝深的表现。
六、长期佩戴不合适眼镜因素
长期佩戴过重、不合适的眼镜框，可能会对眼部周围组织产生持续的压迫，影响眼部血液循环及组织的正常形态，长期下来可能导致眼窝周围组织的适应性改变，出现眼窝深的情况，但相对前几种因素，其影响程度相对较次要。
