甲状腺结节可从病因、质地、对放射性核素的摄取能力这几种方式分类。按病因分增生性结节性甲状腺肿、肿瘤性结节（含良性的甲状腺腺瘤和恶性的甲状腺癌等）、囊肿、炎症性结节；按质地分实性结节（癌多为此类需判良恶性）、囊性结节（良性可能性大但关注囊壁等）、囊实性结节；按对放射性核素摄取能力分热结节（多良性）、温结节（多数良性）、冷结节（约20%恶性需排查）。
根据病因分类
增生性结节性甲状腺肿：多与碘摄入异常等因素相关，由于长期的碘缺乏或碘过量等原因，甲状腺滤泡上皮反复增生、修复，进而形成结节。在一些地区性碘缺乏的地区，人群中增生性结节性甲状腺肿的发病率相对较高。例如在某些远离海洋且碘摄入不足的内陆地区，居民患此类结节的概率会因环境因素影响而升高。
肿瘤性结节：又可细分为良性肿瘤（如甲状腺腺瘤）和恶性肿瘤（如甲状腺癌）。甲状腺腺瘤是常见的良性肿瘤，一般生长较为缓慢；而甲状腺癌则需要引起重视，其包括乳头状癌、滤泡状癌、未分化癌、髓样癌等不同病理类型，其中乳头状癌较为常见，占甲状腺癌的大部分比例，且在年轻女性中相对更易发生。
囊肿：主要是甲状腺内含有液体的囊状物。多数是由甲状腺结节或腺瘤退变、出血、坏死等形成，囊内为清澈或浑浊的液体。
炎症性结节：包括感染性炎症和自身免疫性炎症导致的结节。感染性炎症多由细菌等病原体感染引起，自身免疫性炎症如桥本甲状腺炎也可能伴有结节形成。
根据结节的质地分类
实性结节：结节质地较硬，触摸时感觉比较坚实。很多甲状腺癌表现为实性结节，需要进一步通过超声等检查判断其良恶性。
囊性结节：质地柔软，里面充满液体，通过超声检查可发现里面有液性暗区，一般良性的可能性相对大一些，但也需要关注囊壁等情况。
囊实性结节：结节部分区域是实性，部分区域是囊性，这种情况也较为常见，需要综合评估其性质。
根据结节对放射性核素的摄取能力分类
热结节：结节摄取放射性核素的能力比周围甲状腺组织强，多为良性结节，功能自主性甲状腺瘤常表现为热结节。
温结节：结节摄取放射性核素的能力与周围甲状腺组织相似，多数良性结节可能表现为温结节。
冷结节：结节摄取放射性核素的能力低于周围甲状腺组织，冷结节并不一定就是恶性，但是需要进一步排查，约20%冷结节为恶性，其余80%为良性病变等。
