窦性心动过缓的原因包括长期体育锻炼、睡眠状态等生理性因素，心血管系统的冠心病、心肌病、先天性心脏病等疾病，内分泌系统的甲状腺功能减退症、肾上腺皮质功能减退等病症，神经系统的颅内病变，电解质紊乱如严重低钾或高钾血症，药物如β受体阻滞剂、钙通道阻滞剂等影响，还有老年人心脏传导系统退行性变、孕妇电解质紊乱及遗传因素导致的先天性心脏传导系统异常等情况。
一、生理性因素
长期体育锻炼的人群，由于身体长期处于运动状态，迷走神经张力增高，可使心率减慢，出现窦性心动过缓，这是机体对长期运动产生的适应性改变，属于生理性的正常现象。另外，睡眠状态下人体迷走神经兴奋，也可出现窦性心动过缓，这是正常的生理调节过程。
二、病理性因素
1.心血管系统疾病
冠心病患者若发生心肌缺血、缺氧时，可能影响心脏的正常电生理活动，导致窦性心动过缓；心肌病如扩张型心肌病等，可引起心肌结构和功能异常，影响心脏的节律和传导，从而出现窦性心动过缓；此外，先天性心脏病等也可能导致窦性心动过缓的发生。
2.内分泌系统疾病
甲状腺功能减退症患者因甲状腺激素分泌减少，机体代谢率降低，会出现窦性心动过缓的表现，这是因为甲状腺激素对维持正常心率有重要作用，其缺乏会使心率减慢；肾上腺皮质功能减退等内分泌疾病也可能通过影响机体的代谢等功能，导致窦性心动过缓。
3.神经系统病变
颅内病变如颅内肿瘤、脑出血、脑梗死等，可影响神经系统对心脏的调节，导致窦性心动过缓。因为神经系统的某些结构和神经通路参与了对心率的调控，当这些部位发生病变时，会干扰正常的心率调节机制。
4.电解质紊乱
严重的低钾血症或高钾血症等电解质紊乱情况，可影响心肌细胞的电生理特性，导致心脏节律异常，出现窦性心动过缓。例如，血钾浓度异常会干扰心肌细胞膜的离子通道功能，进而影响心脏的起搏和传导。
5.药物影响
某些药物如β受体阻滞剂（如普萘洛尔等）、钙通道阻滞剂（如维拉帕米等）等，可抑制心脏的传导系统或心肌收缩力，从而引起窦性心动过缓；此外，一些抗心律失常药物使用不当也可能导致窦性心动过缓的发生。
三、其他因素
老年人由于心脏传导系统发生退行性变，出现窦性心动过缓的几率相对较高；孕妇在孕期若发生电解质紊乱等情况，也可能影响心率，导致窦性心动过缓；一些遗传因素导致的先天性心脏传导系统异常，也可使个体从出生后就存在窦性心动过缓的情况。
