甲状腺结节穿刺是相对安全的有创检查，但存在潜在危害，包括出血风险，如凝血功能异常、老年、生理期人群出血风险更高；感染风险，血糖控制不佳的糖尿病患者、免疫功能低下人群感染风险高；假阴性风险，结节细胞分布不均、有特殊病史或老年患者假阴性风险高；损伤周围组织风险，精细操作下概率低，但有颈部手术史、儿童等特殊人群风险增加，可能损伤喉返神经、甲状旁腺等。
出血风险：
一般情况：穿刺过程中可能损伤血管导致出血，通常为局部少量渗血，多数可自行缓解。在超声引导下精准穿刺可降低出血风险，但对于凝血功能异常的人群，如本身患有血友病等出血性疾病者，出血风险会显著增加，可能导致局部血肿形成，严重时血肿较大可能压迫气管等结构，影响呼吸等功能。
特殊人群：老年患者常伴有血管弹性减退等情况，凝血功能可能也随年龄增长而有所变化，相对年轻患者出血风险可能更高；女性在生理期时，凝血状态可能有所改变，也可能使出血风险增加。
感染风险：
一般情况：虽然严格的无菌操作可大大降低感染几率，但仍存在极少量细菌等病原体侵入穿刺部位引起感染的可能，表现为穿刺部位红、肿、热、痛，严重时可能出现发热等全身感染症状。
特殊人群：糖尿病患者由于血糖控制不佳时，机体抵抗力下降，发生感染的风险较血糖控制良好者明显升高；免疫功能低下人群，如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者，自身抵御病原体的能力弱，感染风险显著增高。
假阴性风险：
一般情况：穿刺取材可能因为结节内细胞分布不均匀等原因，导致未能获取到具有代表性的细胞样本，从而出现假阴性结果，即实际上结节是恶性的，但穿刺结果提示为良性，可能会延误后续的诊断和治疗。
特殊人群：对于一些特殊病史的患者，如结节既往有快速增大等情况，即使进行穿刺，假阴性风险可能相对更高；老年患者身体机能衰退，细胞的生物学行为可能更不典型，也可能增加假阴性的发生几率。
损伤周围组织风险：
一般情况：在精细操作下，穿刺损伤周围组织的概率较低，但仍存在损伤喉返神经、甲状旁腺等周围重要组织结构的可能。损伤喉返神经可能导致声音嘶哑等症状，损伤甲状旁腺可能引起甲状旁腺功能减退，出现低钙血症相关表现如手足抽搐等。
特殊人群：对于有颈部手术史等导致颈部解剖结构粘连的患者，周围组织解剖关系可能发生改变，穿刺时损伤周围组织的风险较无手术史者明显增加；儿童患者由于颈部组织相对娇嫩且解剖结构尚在发育中，穿刺损伤周围组织的风险需要格外谨慎评估，操作时更需精准小心。
