甲状腺结节穿刺是有创检查，危害发生概率低但有情况，存在出血风险，凝血功能异常、老年、经期女性等出血风险有差异；有感染风险，糖尿病、自身免疫性疾病患者感染风险高；有假阴性结果风险，结节特殊形态不规则者风险高；有损伤周围组织风险，儿童、老年相对易出现，不过这些危害发生概率都非常低
出血风险
一般情况：穿刺过程中可能损伤血管导致局部出血，表现为穿刺部位局部肿胀、淤血等。多数情况下出血量较少，可自行吸收。但对于凝血功能异常的人群，如本身患有血友病等出血性疾病，或正在服用抗凝药物（如华法林等）的患者，出血风险会增加，可能导致较为明显的局部血肿，甚至影响颈部外观及呼吸等情况（若血肿较大压迫气道）。
特殊人群：老年患者往往合并有基础疾病，凝血功能可能随年龄增长而有所下降，同时可能服用多种药物，其中部分药物可能影响凝血功能，所以老年患者在甲状腺结节穿刺时出血风险相对更高。女性患者在月经期间凝血功能相对波动，也可能使出血风险较非经期略有增加。
感染风险
一般情况：虽然穿刺是在严格无菌操作下进行，但仍存在极个别情况发生感染，表现为穿刺部位红、肿、热、痛，严重时可能出现发热等全身感染症状。一般通过使用抗生素等治疗可控制感染，但感染的发生会增加患者的痛苦和恢复时间。
特殊人群：糖尿病患者由于血糖控制不佳时机体抵抗力下降，发生感染的风险相对增高。此外，自身免疫性疾病患者本身免疫功能存在异常，在甲状腺结节穿刺后发生感染的可能性也相对高于常人。
假阴性结果风险
一般情况：甲状腺结节穿刺有可能出现假阴性结果，即穿刺获取的细胞不能准确反映结节的真实性质，导致医生根据穿刺结果可能做出错误的判断，从而影响后续的治疗决策。这主要与穿刺取材不够准确有关，比如穿刺部位未取到具有代表性的病变细胞等情况。
特殊人群：对于一些结节位置较为特殊、形态不规则的患者，无论年龄、性别，假阴性结果的发生风险可能相对更高。例如，结节位于甲状腺深部且与周围组织粘连紧密时，穿刺取材难度增大，假阴性风险增加。
损伤周围组织风险
一般情况：穿刺时有可能损伤周围的喉返神经、甲状旁腺等组织。损伤喉返神经可能导致声音嘶哑等症状，损伤甲状旁腺可能引起甲状旁腺功能减退，出现低钙血症相关表现，如手足抽搐等，但这种情况发生概率非常低。
特殊人群：儿童患者由于甲状腺及周围组织相对娇嫩，在甲状腺结节穿刺时损伤周围组织的风险相对成人略高。老年患者由于组织器官功能退化，解剖结构可能有所改变，也可能在一定程度上增加损伤周围组织的风险。
