附件囊肿分为生理性和病理性，生理性包括卵泡囊肿（因卵泡成熟未排卵持续增大形成，与激素水平波动有关）和黄体囊肿（因黄体持续存在或增大形成，与黄体期激素调节相关）；病理性包括子宫内膜异位囊肿（因子宫内膜组织在卵巢部位反复出血形成，生育年龄女性高发，与经血逆流等及生活方式、宫腔操作史有关）、炎性附件囊肿（因盆腔炎症累及附件形成，性生活活跃及有宫腔操作史女性易患）、上皮性附件囊肿（卵巢表面上皮细胞异常增生形成，机制不明，各年龄段可能发生，有家族史风险高）
一、生理性附件囊肿的形成
（一）卵泡囊肿形成
女性每个月经周期都会有卵泡发育，一般优势卵泡会排卵。但有时卵泡成熟后没有排卵，继续增大就形成卵泡囊肿。正常情况下卵泡直径一般在18-25mm左右，若卵泡持续大于25mm且未排卵，就可能发展为卵泡囊肿，这与个体激素水平波动等因素有关，激素水平异常可能影响卵泡的正常排卵过程，从而导致卵泡囊肿形成，各年龄段女性都可能因月经周期中的激素变化出现这种情况。
（二）黄体囊肿形成
排卵后卵泡壁塌陷形成黄体，黄体正常情况下会随着月经周期变化，如果黄体持续存在或持续增大就会形成黄体囊肿。黄体直径一般在1-2cm左右，若黄体直径超过3cm且持续存在，就可能发展为黄体囊肿，这与黄体期激素调节等因素相关，不同年龄女性在黄体期都可能因激素调节异常出现黄体囊肿情况。
二、病理性附件囊肿的形成
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）形成
子宫内膜组织出现在卵巢部位，随着月经周期反复出血，形成囊肿，内含类似巧克力样的粘稠液体。其发生与子宫内膜异位症的发病机制相关，子宫内膜组织可能通过经血逆流等途径种植到卵巢等部位，年龄方面，生育年龄女性是子宫内膜异位症的高发人群，因为这个阶段有正常的月经周期，增加了经血逆流等发生的机会，生活方式方面，长期的压力等因素可能影响免疫系统，增加子宫内膜异位症的发生风险，有过宫腔操作史等病史的女性也更容易出现子宫内膜异位囊肿。
（二）炎性附件囊肿形成
盆腔炎症累及附件，如输卵管炎、卵巢炎等，炎症刺激导致附件组织粘连、渗出，形成炎性囊肿。常见的病原体有淋病奈瑟菌、衣原体等，性生活活跃的女性，尤其是年轻女性，由于性传播疾病的风险相对较高，更容易发生盆腔炎症进而形成炎性附件囊肿，另外有宫腔操作史（如人流术等）的女性，增加了感染的机会，也易引发炎性附件囊肿。
（三）上皮性附件囊肿形成
卵巢表面的上皮细胞异常增生形成囊肿，包括浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤等。其具体形成机制尚不完全明确，但可能与卵巢上皮细胞的异常增殖调控有关，各年龄段女性都可能发生，不过一些遗传因素等可能在其中起作用，有卵巢上皮性肿瘤家族史的女性相对风险较高。
