皮埋避孕存在月经方面（约20%-50%使用者月经紊乱，随时间约60%-70%可改善）、全身症状方面（约15%-20%体重变化，约5%-10%头痛，有偏头痛史者需谨慎）、其他方面（少数情绪变化）副作用，存在个体差异，多数副作用使用一段时间可能减轻或消失，选择时需综合自身因素权衡。
月经紊乱：皮埋避孕剂中的孕激素会影响子宫内膜的生长和脱落，约有20%-50%的使用者会出现月经周期改变，表现为月经频发、月经稀发或不规则阴道流血。例如，一项针对大量皮埋避孕使用者的长期追踪研究发现，相当一部分女性在使用皮埋后的前6-12个月内，月经周期变得不规律，有的女性月经周期缩短至20天左右，有的则延长至40天以上，且可能伴有经量的变化，部分人经量减少，也有少部分人经量增多。这种月经紊乱情况在不同年龄、生活方式的女性中都可能出现，年轻女性相对可能对月经改变更为敏感，但一般随着使用时间延长，约60%-70%的人月经紊乱情况会逐渐改善。对于有长期规律月经史的女性，使用皮埋后出现月经紊乱可能会影响其生活质量，需要一定时间适应或者在必要时进一步评估。
全身症状方面的副作用
体重变化：约有15%-20%的使用者可能出现体重增加。这是因为孕激素可能会影响体内的代谢，导致水钠潴留或者影响脂肪代谢等。不同生活方式的女性受影响程度可能不同，比如长期久坐、饮食习惯偏向高热量的女性可能更容易出现体重增加的情况。年龄也是一个因素，一般中年女性相对年轻女性可能对体重变化更为敏感，因为随着年龄增长，基础代谢率逐渐下降，孕激素引起的代谢改变更容易体现为体重上升。不过也有部分女性体重并无明显变化，这存在个体差异。
头痛：约5%-10%的使用者会出现头痛症状。头痛的发生机制可能与孕激素引起的体内激素水平波动导致血管舒缩功能变化有关。对于有偏头痛病史的女性，使用皮埋避孕后头痛发作可能会增多或加重，因为其本身偏头痛就与血管舒缩功能异常等因素相关，而皮埋中的孕激素可能进一步诱发或加重这种情况。所以有偏头痛病史的女性在选择皮埋避孕时需要谨慎评估，在使用过程中若头痛频繁或加重，应及时就医。
其他方面的副作用
情绪变化：少数使用者可能出现情绪波动，如抑郁、焦虑等。这可能与孕激素影响中枢神经系统的神经递质代谢有关。不同生活方式的女性对情绪变化的敏感度不同，比如生活压力较大、本身心理调节能力相对较弱的女性可能更容易出现情绪方面的副作用。年龄方面，青春期女性和围绝经期女性相对可能更易受情绪变化的影响，青春期女性正处于身心发展变化阶段，激素水平的微小波动都可能对情绪产生较大影响；围绝经期女性本身激素水平波动较大，再加上皮埋中孕激素的作用，更容易出现情绪方面的异常。如果出现明显的情绪低落、焦虑等情况，需要寻求心理医生的帮助进行评估和干预。
需要注意的是，皮埋避孕的副作用存在个体差异，并非所有使用者都会出现上述所有副作用，而且大多数副作用在使用一段时间后可能会逐渐减轻或消失。在考虑选择皮埋避孕时，应充分了解这些可能的副作用，并在医生的指导下根据自身的年龄、健康状况、生活方式等因素综合权衡后做出决策。
