沙眼的诊断需从临床表现、实验室检查及鉴别诊断三方面进行。急性期表现为畏光、流泪等，慢性期症状较轻且有结膜瘢痕化等；实验室检查可通过病原学检查（找沙眼衣原体包涵体）和分子生物学检查（PCR检测核酸）辅助诊断；需与慢性结膜炎、春季结膜炎等鉴别，慢性结膜炎无沙眼特有体征，春季结膜炎有其典型表现且无沙眼体征。
一、临床表现判断
1.急性期表现：沙眼急性期主要表现为畏光、流泪、异物感，较多黏液或黏液脓性分泌物。检查可见眼睑红肿，结膜明显充血，乳头增生，上下穹窿部结膜布满滤泡，可合并角膜上皮炎及耳前淋巴结肿大。一般持续1-3个月后，急性症状缓解，进入慢性期。
对于儿童患者，因其免疫系统发育尚不完善，感染沙眼后急性期症状可能相对更为明显，且由于儿童可能不太会准确表述眼部不适，家长需密切观察儿童眼部是否有异常分泌物、频繁眨眼等情况。而对于有不良生活方式，如长期近距离用眼且不注意眼部卫生的人群，也容易在感染沙眼急性期出现上述典型表现。
2.慢性期表现：慢性期患者症状相对较轻，可无明显自觉症状，或仅有瘙痒、异物感、干燥和烧灼感。随着病情进展，结膜会发生瘢痕化，表现为结膜污秽样外观、睑结膜瘢痕、角膜血管翳等。角膜血管翳是沙眼的特征性表现之一，严重时可影响视力。
老年人群体由于眼部组织功能逐渐衰退，患沙眼进入慢性期后，可能眼部不适症状相对不典型，但结膜瘢痕化等表现可能更为明显。有既往沙眼病史的人群，再次复发时慢性期表现可能会有一定的复发特点，需注意与其他眼部疾病相鉴别。
二、实验室检查辅助判断
1.病原学检查：可刮取结膜上皮细胞进行Giemsa染色或碘染色，查找沙眼衣原体包涵体。这种方法对于明确沙眼衣原体感染具有重要意义。例如，通过在显微镜下观察细胞内是否存在特异性的包涵体结构来确诊。
对于儿童患者，在进行病原学检查时，要注意操作的轻柔，避免对儿童眼部造成不必要的损伤。对于免疫力低下的特殊人群，如艾滋病患者感染沙眼时，病原学检查结果可能会有一些特殊表现，需要结合患者整体免疫状态综合判断。
2.分子生物学检查：如聚合酶链反应（PCR）技术，可检测沙眼衣原体的核酸，灵敏度和特异性较高。能更早、更准确地诊断沙眼衣原体感染。
在不同年龄人群中，PCR技术的应用基本相似，但对于儿童患者，要确保样本采集的规范性以保证检测结果的准确性。对于有多次眼部感染史或复杂病史的人群，分子生物学检查可能能提供更精准的病原学信息，辅助医生更准确判断是否为沙眼及病情程度。
三、鉴别诊断排除其他疾病
1.慢性结膜炎：慢性结膜炎也可出现眼部不适、结膜充血等表现，但一般无沙眼特有的滤泡、瘢痕及角膜血管翳等表现。通过详细的眼部检查，观察结膜的具体形态、有无典型沙眼体征可进行鉴别。
不同年龄的人群慢性结膜炎的病因可能有所不同，儿童慢性结膜炎可能与过敏、长期佩戴不合适的隐形眼镜（儿童一般不建议佩戴隐形眼镜，但需注意特殊情况）等有关；老年人可能与眼表干燥、慢性炎症刺激等有关。在鉴别诊断时需要结合不同人群的特点进行分析。
2.春季结膜炎：春季结膜炎主要表现为眼部奇痒，睑结膜有大而扁平的乳头，呈铺路石样，角膜缘可有黄褐色或污红色胶样增生，一般无沙眼的滤泡、瘢痕等表现，可通过临床表现及病史进行鉴别。
对于有过敏体质的人群，在判断是否为沙眼时需特别注意与春季结膜炎相鉴别，因为过敏体质人群患春季结膜炎的几率相对较高。同时，不同年龄人群的过敏反应表现可能略有差异，儿童可能更易因花粉等过敏原引发春季结膜炎，需要仔细区分。
