肝血管瘤具体病因未完全明确，主要与先天性发育异常（胚胎发育中血管形成异常致肝脏局部血管内皮细胞异常增殖形成血管瘤样结构）、激素影响（女性雌激素水平变化可能刺激血管内皮细胞增殖促进血管瘤生长，男性也可能受激素潜在作用影响）、其他因素（肝内毛细血管感染后变形可能致血管扩张形成血管瘤，此机制待更多研究证实关联程度）有关。
先天性发育异常
血管形成异常：在胚胎发育过程中，血管发育出现异常可能导致肝血管瘤的形成。胚胎时期血管发育过程中，某些调控血管形成的基因或信号通路出现异常，使得肝脏局部的血管内皮细胞异常增殖，进而形成血管瘤样结构。例如，在胚胎早期血管网分化阶段，如果肝血管的内皮细胞异常聚集，就可能逐渐发展为肝血管瘤。这种先天性的发育异常在不同年龄、性别人群中都可能发生，且与生活方式等因素无直接关联，但先天性因素是其发病的重要基础。
激素影响
雌激素作用：女性体内雌激素水平的变化可能与肝血管瘤的发生发展存在一定关系。研究发现，女性在青春期、妊娠期等雌激素水平较高的时期，肝血管瘤有增大的倾向。这可能是因为雌激素能够刺激血管内皮细胞的增殖，从而促进血管瘤的生长。例如，妊娠期女性体内雌激素水平大幅升高，部分原本较小的肝血管瘤可能会在妊娠期出现体积增大的情况。不过，男性也可能患肝血管瘤，只是相对女性来说，激素因素的影响相对不那么突出，但也不能完全排除激素在男性肝血管瘤发病中的潜在作用。
其他因素
毛细血管感染后变形：有研究推测，肝内毛细血管在感染后可能发生变形，导致毛细血管扩张，进而形成血管瘤。例如，肝脏局部曾经有过轻微的感染，可能引起局部血管的反应性改变，使得血管结构发生异常，逐渐发展为肝血管瘤。这种情况在不同生活方式的人群中都可能出现，比如日常生活中不太注意卫生导致肝脏局部感染的人群，相对来说可能存在更高的肝血管瘤发病风险，但目前这一机制还需要更多的研究来进一步证实其确切的关联程度。
