半夜腰痛可由多种原因引起，包括长期久坐弯腰劳作等致腰椎间盘突出症椎间盘退变髓核突出压迫神经夜间加重，长期腰部肌肉紧张致腰肌劳损休息时炎症产物刺激引发，自身免疫性且好发青壮年男性的强直性脊柱炎夜间僵硬疼痛活动稍缓，细菌感染致肾盂肾炎夜间炎症刺激加重伴尿频尿急发热等女性易发病，结石移动致肾结石夜间刺激引发剧烈疼痛伴血尿，以及不合适床垫致腰部肌肉劳损性疼痛夜间显现。
一、腰椎间盘突出症
长期久坐、弯腰劳作等不良生活方式易引发腰椎间盘突出，椎间盘退变后髓核突出，压迫周围神经。夜间休息时，人体姿势相对固定，若腰部姿势不良，可加重对神经的压迫，从而导致半夜腰痛，且可能伴有下肢放射性疼痛等表现，青壮年及长期从事重体力劳动人群高发。
二、腰肌劳损
长期腰部肌肉处于紧张状态，如久坐、久站等，可引起腰部肌肉慢性损伤、无菌性炎症。夜间休息时，肌肉放松，但炎症代谢产物堆积，刺激神经末梢，易引发腰痛，多见于长期保持不良坐姿或从事需要腰部反复用力工作的人群。
三、强直性脊柱炎
属于自身免疫性疾病，好发于青壮年男性，与遗传因素相关。疾病特点为夜间腰部僵硬疼痛，活动后可稍缓解，病情进展可导致脊柱强直，睡眠中因腰部僵硬不适易出现半夜腰痛，且晨起时腰痛往往更为明显。
四、肾脏疾病
（一）肾盂肾炎
细菌感染累及肾盂等部位，炎症刺激可引发腰痛，夜间人体代谢减慢，尿液中细菌等刺激物浓度相对升高，可能加重对肾脏组织的刺激，导致半夜腰痛，常伴有尿频、尿急、发热等症状，女性因尿道短等因素相对更易发病。
（二）肾结石
肾脏内结石移动时可损伤肾盂或输尿管黏膜，夜间人体活动减少，结石相对固定但可能因体位变化等因素刺激尿路，引发腰部剧烈疼痛，可伴有血尿等表现，不同年龄段均可发病，但与代谢异常等因素相关。
五、床垫问题
不合适的床垫无法提供良好的腰部支撑，长期使用会导致腰部肌肉持续处于紧张状态以维持脊柱生理曲度，久而久之引起腰部肌肉劳损性疼痛，夜间休息时这种不适更易显现，不同人群均可能因床垫选择不当而出现半夜腰痛。
