肾萎缩常见原因有先天性肾发育不全（胚胎发育异常致肾体积缩小）、肾动脉狭窄（血液灌注不足致肾萎缩，由动脉粥样硬化、纤维肌性发育不良等引起）、慢性肾盂肾炎（细菌感染致肾组织纤维化萎缩）、高血压性肾损害（长期高血压致肾小球及肾动脉硬化萎缩）、梗阻性肾病（尿路梗阻致肾盂肾盏扩张压迫肾实质萎缩），还有自身免疫性疾病累及肾脏及遗传性肾病后期等也可引起肾萎缩。
1.先天性肾发育不全：某些婴儿在胚胎发育过程中出现肾脏发育异常，导致肾脏体积较正常明显缩小，这与遗传等胚胎发育相关因素有关，在胎儿时期就已奠定肾萎缩的基础，可能涉及基因调控等方面的异常，影响肾脏正常的生长发育进程。
2.肾动脉狭窄：肾动脉出现狭窄会使肾脏血液灌注不足，长期的缺血状态会影响肾脏的正常结构和功能，逐渐导致肾萎缩。肾动脉狭窄可能是由于动脉粥样硬化、纤维肌性发育不良等原因引起，动脉粥样硬化多见于中老年人，随着血管壁脂质沉积等病理变化导致动脉狭窄；纤维肌性发育不良在年轻人中相对更常见一些，会使肾动脉管腔变窄，进而影响肾脏血供。
3.慢性肾盂肾炎：这是一种由细菌感染引起的肾脏慢性炎症性疾病。长期反复的肾盂肾炎会破坏肾脏的组织结构，导致肾组织纤维化，肾脏逐渐萎缩。女性由于尿道短等生理特点相对更容易患肾盂肾炎，若患病后未得到有效控制，病程迁延就可能发展为慢性肾盂肾炎并引发肾萎缩。
4.高血压性肾损害：长期高血压会使肾小球内囊压力升高，肾小球纤维化、萎缩，同时肾动脉硬化影响肾脏血液供应，最终导致肾脏萎缩。高血压患者如果血压控制不佳，随着病程进展，肾脏会逐步受到损害，年龄较大的高血压患者更易出现这种情况，因为长期高血压对血管和肾脏的损伤是一个逐渐累积的过程。
5.梗阻性肾病：尿路结石、肿瘤等原因导致尿路梗阻，尿液排出受阻，肾盂肾盏扩张，压迫肾实质，引起肾组织萎缩。不同年龄段都可能发生尿路梗阻，比如儿童可能因先天性尿路畸形导致梗阻，成年人则可能因结石、肿瘤等原因，长期梗阻会使肾脏功能受损并发生萎缩。
6.其他：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病累及肾脏时，也可引起肾组织的损伤和萎缩；某些遗传性肾病，像多囊肾后期也会出现肾组织被囊肿破坏而逐渐萎缩的情况等。
