肝血管瘤确切病因未完全明确，主要与先天性发育异常（胚胎发育中血管形成异常致局部血管结构异常增生）、激素水平影响（女性雌激素水平变化可能关联，如青春期、妊娠期有增大倾向但个体差异大）、其他潜在因素（肝脏局部血流异常，如血流动力学改变致血管内皮细胞异常增生，长期饮酒、高脂饮食等可能影响血流增加发病风险）相关。
先天性发育异常
血管形成异常：在胚胎发育过程中，血管发育出现异常可能导致肝血管瘤的发生。例如，原始血管组织在分化过程中，某些调控血管形成的基因发生突变或表达异常，影响了血管的正常分化和构建，使得局部血管结构异常增生，逐渐形成肝血管瘤。这种先天性的血管发育异常在胎儿时期就已存在，但往往在出生后一段时间甚至成年后才被发现，因为肿瘤可能在早期生长缓慢，不引起明显症状。不同年龄段的人群都可能因这种先天性因素发病，没有明显的性别差异倾向，但在个体的生长发育过程中逐渐显现。
激素水平影响
雌激素作用：女性体内雌激素水平的变化可能与肝血管瘤的发生发展存在关联。研究发现，在青春期、妊娠期等雌激素水平较高的时期，肝血管瘤有增大的倾向。这可能是因为雌激素能够刺激血管内皮细胞的增殖和迁移，从而促进血管瘤的生长。例如，妊娠期女性由于体内雌激素水平大幅升高，原本较小的肝血管瘤可能会在孕期明显增大，但一般在分娩后雌激素水平逐渐恢复，部分血管瘤可能不再继续增长甚至有所缩小。不过，这种激素水平的影响并非绝对，不是所有女性在雌激素水平变化时都会出现肝血管瘤的明显变化，个体差异较大，同时也有男性发病的情况，所以激素水平只是其中一个可能的影响因素而非唯一决定因素。
其他潜在因素
肝脏局部血流异常：肝脏局部的血流动力学改变可能与肝血管瘤的形成有关。当肝脏局部血管的血流速度、血流量等发生变化时，可能导致血管内皮细胞的适应性反应，进而引发血管的异常增生形成血管瘤。例如，某些局部血管的狭窄或阻塞可能引起血流的重新分布，使得局部血管承受异常的压力和血流冲击，刺激血管内皮细胞增殖，逐渐形成肝血管瘤。这种血流异常可能与一些先天性的血管结构异常或后天的肝脏疾病等因素相关，但具体的机制还需要进一步深入研究来明确。不同生活方式的人群，如长期饮酒、高脂饮食等可能影响肝脏的血流状态，进而在一定程度上增加肝血管瘤的发病风险，但这也不是绝对的因果关系，只是一种可能的相关因素。
