肝血管瘤产生原因未完全明确，主要有先天性发育异常（胚胎发育中血管形成机制异常致肝内血管内皮细胞异常增殖形成，有家族遗传易感性但遗传机制不明，激素变化有影响）、激素影响（雌激素相关，女性雌激素水平波动大时易受其刺激促进肝血管瘤形成或增大，男性受影响相对小）、其他因素（肝血管感染可能致血管形态改变引发血管瘤，证据有限，长期大量饮酒等不良生活方式间接影响肝脏对血管调控机制但非直接原因）。
血管发育异常：肝血管瘤被认为是先天性血管发育异常所致。在胚胎发育过程中，血管形成机制出现异常，导致肝内血管内皮细胞异常增殖，进而形成血管瘤。例如，在胚胎早期（3-8周），血管网形成阶段，如果局部血管发育调控出现偏差，就可能引发肝内血管的异常分化和增殖，最终形成肝血管瘤。这种发育异常在不同年龄、性别人群中都可能发生，且没有明显的性别差异倾向，不过在女性青春期、妊娠期等激素水平变化较大的时期，可能因激素对血管的影响而使血管瘤有不同的表现。对于有家族中曾有肝血管瘤患者的人群，其后代可能存在一定的遗传易感性，但目前尚未明确具体的遗传基因位点等确切遗传机制。
激素影响
雌激素相关：有研究表明，雌激素可能参与肝血管瘤的发生发展。女性体内雌激素水平波动较大，如在青春期、孕期等，雌激素水平升高可能刺激肝内血管内皮细胞增殖，从而促进肝血管瘤的形成或使原有血管瘤增大。例如，妊娠期女性体内雌激素水平显著升高，部分患者的肝血管瘤在妊娠期会出现明显增大的情况，这提示雌激素可能是促进肝血管瘤生长的一个重要因素。而男性体内雌激素水平相对稳定且较低，所以男性肝血管瘤的发生可能相对较少受单纯雌激素水平波动的直接影响，但也可能存在其他激素或因素的综合作用。
其他因素
肝血管感染：有观点认为，肝内局部血管感染可能导致血管形态改变，进而引发肝血管瘤。当肝脏局部受到细菌、病毒等感染时，炎症刺激可能影响血管的正常结构和功能，促使血管内皮细胞异常增殖，形成血管瘤样改变。不过目前这方面的证据相对有限，还需要更多的研究来明确肝血管感染与肝血管瘤发生的确切关系。此外，一些不良的生活方式，如长期大量饮酒等，可能会对肝脏功能产生影响，间接影响血管的状态，但目前并没有确凿证据表明其是肝血管瘤发生的直接原因，不过长期大量饮酒会加重肝脏负担，对肝脏健康不利，可能会在一定程度上干扰肝脏对血管的正常调控机制。
