扁桃体炎有局部和全身危害，局部可致炎症反应加重、引发局部并发症；全身能引起全身性感染、长期低热、影响儿童生长发育、增加其他系统疾病风险，特殊人群儿童、老年人、妊娠期女性患扁桃体炎需特殊重视及处理。
引发局部并发症
扁桃体周围脓肿：是较为常见的局部并发症，多发生于急性扁桃体炎发病后2-3天，患者单侧咽痛加剧，吞咽时明显，张口困难，扁桃体及周围组织红肿隆起。
咽旁脓肿：炎症可向周围蔓延至咽旁间隙，引起咽旁脓肿，表现为颈部疼痛、肿胀，颈部活动受限等。
全身危害
引起全身性感染
风湿热：多在扁桃体炎后1-3周发病，是A组乙型溶血性链球菌感染后引起的自身免疫性疾病，可累及心脏、关节、中枢神经系统等。心脏受累可导致风湿性心脏病，出现心悸、气短等症状；关节受累可引起游走性、多发性关节炎，累及大关节，如膝关节、踝关节等。
急性肾小球肾炎：一般在扁桃体炎后1-4周出现，患者可出现水肿，多从眼睑、面部开始，然后波及全身；血尿，尿液呈洗肉水样；血压升高，部分患者还可伴有头痛、乏力等全身症状。
导致长期低热：部分扁桃体炎患者会出现长期低热的情况，可能与机体的免疫反应持续存在有关，患者会感觉身体不适、易疲劳等。
影响生长发育（儿童）：儿童时期频繁发作的扁桃体炎可能会影响其生长发育。因为长期的炎症刺激会消耗机体能量，影响营养物质的吸收，并且可能会导致机体处于慢性应激状态，影响生长激素的分泌等，从而影响身高、体重等的正常增长。
增加其他系统疾病风险
心血管系统疾病：有研究表明，慢性扁桃体炎可能与一些心血管疾病的发生存在关联，如可能会使动脉粥样硬化的风险增加，因为扁桃体炎产生的炎性介质等可能会影响血管内皮功能等。
呼吸系统疾病：慢性扁桃体炎可能导致呼吸道局部的免疫屏障功能下降，容易引发反复的上呼吸道感染，进而影响呼吸系统的正常功能，如可能导致慢性咳嗽、喘息等症状的出现概率增加。
对于特殊人群，儿童扁桃体炎更需重视，因为儿童免疫系统尚不完善，扁桃体炎更容易扩散引发上述全身并发症，且儿童表述能力有限，家长需密切观察儿童的体温、精神状态、吞咽情况等；老年人扁桃体炎可能因机体免疫力下降，病情进展相对隐匿，要注意监测全身状况，及时发现潜在的全身感染等问题；妊娠期女性患扁桃体炎时，用药需谨慎，因为某些药物可能会对胎儿产生影响，要在医生指导下权衡利弊进行处理，同时要注意休息、加强营养以促进身体恢复。
