畸胎瘤的发生与生殖细胞异常分化、遗传因素、胚胎期环境因素干扰及生殖系统相关因素密切相关，生殖细胞异常分化可致其形成，部分患者存在基因变异等遗传因素影响，胚胎期接触有害物质等环境因素干扰可引发，女性卵巢、男性睾丸等生殖系统相关因素也与之关联。
一、生殖细胞异常分化
畸胎瘤的发生与生殖细胞异常分化密切相关。在胚胎发育早期，生殖细胞具有多向分化的潜能，正常情况下会按照特定的程序分化发育。但在某些因素影响下，生殖细胞可能出现异常分化，分化出外胚层、中胚层和内胚层的多种组织成分，这些组织成分聚集形成畸胎瘤。例如，有研究发现，在胚胎发育的关键阶段，若受到遗传因素、环境因素等干扰，生殖细胞的分化调控机制出现紊乱，就容易导致畸胎瘤的形成。
二、遗传因素影响
遗传因素在畸胎瘤的发生中也起到一定作用。部分畸胎瘤患者存在特定的基因变异或遗传综合征相关改变。比如，某些遗传性疾病可能会增加个体患畸胎瘤的风险。有研究表明，一些基因突变会影响生殖细胞的正常分化和发育过程，使机体更容易出现生殖细胞异常分化形成畸胎瘤的情况。不同性别在遗传易感性上可能存在一定差异，某些与畸胎瘤相关的基因位点在不同性别中的表达或作用方式可能有所不同，但具体机制仍需进一步深入研究来明确。
三、胚胎期环境因素干扰
胚胎期的环境因素干扰也可能引发畸胎瘤。母亲在妊娠期间接触某些有害物质，如化学毒物（如某些工业化学污染物）、辐射等，可能会对胚胎的生殖细胞发育产生不良影响。例如，长期处于高辐射环境中的孕妇，其腹中胎儿患畸胎瘤的风险可能会增加。另外，母亲在孕期的一些不良生活方式，如吸烟、酗酒等，也可能通过影响胚胎发育的内环境，导致生殖细胞异常分化，进而促使畸胎瘤的形成。不同年龄阶段的胚胎对环境因素的敏感程度不同，一般来说，胚胎发育早期对外界环境因素的干扰更为敏感，这也解释了为什么一些畸胎瘤在胚胎早期就已形成，但可能在后续生长发育过程中才被发现。
四、生殖系统相关因素
对于女性而言，生殖系统的一些生理特点也可能与畸胎瘤的发生存在关联。例如，卵巢是常见的畸胎瘤发生部位之一，卵巢的正常生理功能和结构异常可能影响生殖细胞的状态。在女性的不同生理期，如青春期、育龄期、绝经期等，卵巢的激素水平和细胞活动状态不同，这也可能在一定程度上影响畸胎瘤的发生概率。而男性的生殖系统中，睾丸等部位也可能发生畸胎瘤，其发生机制与男性生殖细胞的分化等过程相关，同样受到多种因素的综合影响，包括遗传、环境等多方面因素的作用。
