喉囊肿形成与多种因素相关，包括胚胎发育时期喉部组织发育异常的先天性因素、喉部长期受炎症反复刺激的炎症刺激因素、喉部受外伤的创伤因素，不同因素对不同人群影响有别，如儿童易因先天性发育因素发病，长期吸烟等不良生活方式人群易因炎症刺激发病，从事高危职业或喉部有创操作不规范人群易因创伤因素发病。
先天性因素：胚胎发育时期，喉部的某些组织发育异常可能导致喉囊肿的形成。例如，喉小囊的异常扩张等先天性发育问题，使得局部组织出现囊性结构。在胚胎期，喉部的原始结构分化过程中如果出现偏差，就可能为喉囊肿的发生埋下先天性的隐患，这种情况在一些先天性喉结构异常的患儿中可能较为常见，不同性别在先天性因素导致喉囊肿方面并没有明显的特异性差异，但从整体发病情况看，儿童相对可能更易因先天性发育因素引发相关问题，因为儿童的喉部发育尚处于不断完善的阶段，发育异常的风险相对更高一些。
炎症刺激：喉部长期受到炎症的反复刺激是引起喉囊肿的重要原因之一。例如，喉部的慢性炎症，如喉炎等，炎症会导致喉部黏膜的腺体分泌功能紊乱，以及局部组织的增生、水肿等改变，长期的炎症刺激使得局部组织间隙发生变化，进而形成囊性结构。长期吸烟、过度用嗓、生活在污染环境中等不良生活方式都可能增加喉部炎症发生的概率，从而间接增加喉囊肿的发生风险。对于长期吸烟的人群，烟草中的有害物质会持续刺激喉部黏膜，引发炎症反应，男性由于吸烟等不良生活方式的发生率相对可能更高一些，但这也不是绝对的，女性如果有长期吸烟等类似不良生活方式也同样会面临较高风险。有喉部既往炎症病史的人群，喉部组织已经处于相对敏感和易发生异常改变的状态，在后续生活中更需要注意喉部的保养，以降低喉囊肿的发生几率。
创伤因素：喉部受到外伤，如颈部的撞击、喉部的器械检查或手术操作等创伤，可能导致喉部组织出现损伤，进而引发组织的修复过程中形成囊性结构。例如，在进行喉部相关手术时，如果操作不当可能会引起局部组织的损伤和后续的囊性改变；颈部受到外力撞击后，喉部组织受到冲击，也可能导致内部结构的异常变化从而形成喉囊肿。不同年龄阶段的人群都可能因为创伤因素引发喉囊肿，但相对而言，从事某些高危职业，如经常需要接触颈部外力风险的职业人员，或者在进行喉部有创操作时操作不够规范的情况下，发生创伤相关喉囊肿的风险会更高。比如一些经常进行剧烈运动且防护不当导致颈部受伤的人群，或者接受喉部有创检查或手术时出现意外创伤的患者，都需要密切关注喉部状况，以早期发现可能出现的喉囊肿问题。
