肝毛细血管瘤病因未完全明确，一般认为与先天性发育异常和后天因素影响有关。先天性发育异常包括胚胎发育中血管形成异常及遗传因素影响；后天因素影响涉及激素水平变化和肝脏局部损伤，激素水平变化如女性青春期、妊娠期等可能影响，肝脏局部损伤如炎症、外伤等可能诱发，但具体机制需进一步研究。
一、先天性发育异常
1.血管形成因素
在胚胎发育过程中，血管系统的形成出现异常是肝毛细血管瘤可能的发生基础。胚胎早期，血管生成相关的基因调控出现偏差，导致肝脏局部的血管内皮细胞异常增殖和分化。例如，在血管生成因子与抑制因子的平衡失调时，血管内皮细胞的正常生长调控被打破，使得局部血管异常增生形成毛细血管瘤。从胚胎发育的时间线来看，妊娠早期（一般指妊娠前8周）是血管系统快速构建的关键时期，任何影响这一时期血管发育调控的因素都可能增加肝毛细血管瘤发生的风险。
有研究发现，某些与血管生成相关的信号通路，如血管内皮生长因子（VEGF）信号通路在胚胎期的异常激活，会促使肝脏局部的血管内皮细胞过度增殖，进而形成毛细血管瘤结构。VEGF能够刺激血管内皮细胞的增殖、迁移和管腔形成等过程，当该信号通路在胚胎肝脏发育阶段出现异常激活时，就为肝毛细血管瘤的形成奠定了细胞生物学基础。
2.遗传因素影响
部分研究提示遗传因素可能在肝毛细血管瘤的发生中起到一定作用。有家族性发病的零星报道，虽然肝毛细血管瘤并非典型的单基因遗传性疾病，但某些遗传易感性可能使个体更容易发生血管发育异常相关的病变。例如，某些染色体上的基因变异可能影响血管生成相关基因的表达和功能，使得个体在胚胎发育过程中更易出现肝脏血管的异常增殖。不过，目前关于肝毛细血管瘤明确的遗传突变位点等详细遗传机制还需要进一步深入研究来明确。
二、后天因素影响
1.激素水平变化
女性在青春期、妊娠期等激素水平变化较大的时期，肝毛细血管瘤的发生或发展可能受到影响。妊娠期女性体内雌激素、孕激素水平显著升高，有研究推测雌激素可能通过影响血管内皮细胞的功能，促进血管的生长和增殖。例如，雌激素可以与血管内皮细胞上的雌激素受体结合，激活相关信号通路，从而刺激血管内皮细胞的增殖和迁移，增加肝脏局部血管异常增生形成毛细血管瘤的风险。在青春期女性，由于体内激素水平的波动，也可能对肝脏血管的发育产生一定影响，虽然机制尚不十分清晰，但激素水平变化与肝毛细血管瘤发生的关联已被部分研究关注。
2.肝脏局部损伤
肝脏局部受到的外伤、炎症等损伤可能是诱发肝毛细血管瘤的因素之一。当肝脏发生炎症时，炎症因子会刺激局部血管内皮细胞，导致血管内皮细胞的增殖和迁移。例如，慢性肝炎患者，肝脏长期处于炎症状态，炎症介质如肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-6（IL-6）等会持续作用于肝脏血管，可能破坏血管生成的平衡，促使血管异常增生形成毛细血管瘤。而肝脏受到外伤后，局部组织的修复过程中也可能出现血管的异常再生，进而形成毛细血管瘤。不过，这种后天因素导致肝毛细血管瘤的具体机制还需要更多的临床和实验研究来阐明。
