肾囊肿成因复杂，涉及先天性发育异常（包括肾小管憩室发展及遗传因素相关发育异常，如常染色体显性多囊肾病因基因缺陷致肾小管扩张形成囊肿）、年龄因素（40岁以上人群肾囊肿检出率明显升高，因年龄增长肾脏结构功能变化致肾小管憩室成囊肿概率增加）、其他因素（感染因素可间接致囊肿形成、不良生活方式如吸烟酗酒高盐饮食等可能辅助囊肿形成、高血压糖尿病等全身性疾病可相关肾囊肿形成）。
一、先天性发育异常
1.肾小管憩室发展而来：在胚胎发育过程中，肾小管憩室是形成肾囊肿的一个重要因素。随着个体的生长发育，这些肾小管憩室可能会逐渐扩大，从而形成囊肿。这种先天性的肾小管发育异常在儿童和青少年中也可能存在，而且有一定的遗传倾向，如果家族中有肾囊肿患者，后代发生先天性肾囊肿的风险可能会相对增高。例如，部分常染色体显性多囊肾病就是由于特定基因的突变导致肾小管发育异常，进而逐渐形成多个囊肿。
2.遗传因素相关的发育异常：一些遗传性的肾脏疾病会导致肾囊肿的形成，如常染色体显性多囊肾病（ADPKD），这是一种常见的遗传性肾病，致病基因主要为PKD1和PKD2基因。患者由于基因缺陷，肾脏在发育过程中就出现异常，导致肾小管和集合管进行性扩张形成囊肿，通常在30-50岁左右开始出现症状，但也有部分患者在儿童期就可发病，男性和女性在遗传发病风险上无明显差异，均可能因遗传因素而患病。
二、年龄因素影响
随着年龄的增长，肾脏的结构和功能会逐渐发生变化，肾小管的修复和调节能力下降，肾小管憩室形成囊肿的概率增加。一般来说，在40岁以上的人群中，通过超声等检查发现肾囊肿的几率会明显升高。这是因为随着年龄增加，肾脏组织的老化，细胞代谢和修复过程出现紊乱，使得肾小管憩室更容易发展成囊肿。例如，一项针对不同年龄段人群的肾脏超声调查显示，40-59岁人群中肾囊肿的检出率明显高于20-39岁人群。
三、其他因素
1.感染因素：某些感染性疾病可能会对肾脏组织产生影响，间接导致肾囊肿的形成。例如，肾脏周围组织的慢性感染，可能会引起肾脏局部的炎症反应，导致肾小管的损伤和结构改变，进而促使囊肿形成。但这种情况相对较为少见，通常是在存在长期慢性感染且未得到有效控制的情况下才可能引发。
2.不良生活方式：长期的不良生活方式也可能与肾囊肿的形成有一定关联。例如，长期大量吸烟的人群，烟草中的有害物质可能会影响肾脏的血液循环和细胞代谢，增加肾脏发生病变的风险，包括肾囊肿的形成。另外，长期高盐饮食会导致血压升高，而高血压会对肾脏血管造成损伤，影响肾脏的正常功能，进而可能促进肾囊肿的发展。还有长期酗酒的人群，酒精对肝脏和肾脏都有损害作用，会干扰肾脏的正常代谢和结构，增加肾囊肿发生的可能性。不过，不良生活方式通常是作为肾囊肿形成的辅助因素，并非单一的决定性因素。
3.疾病相关因素：一些全身性疾病也可能与肾囊肿的形成相关。例如，高血压患者由于长期的血压升高，会使肾脏的小动脉发生硬化，影响肾脏的血液供应，导致肾脏组织缺血缺氧，进而引起肾小管的损伤和囊肿形成。糖尿病患者如果血糖控制不佳，长期的高血糖状态会导致肾脏微血管病变，影响肾脏的滤过和重吸收功能，也可能增加肾囊肿的发生几率。
