肾囊肿的发生与遗传和非遗传因素有关，遗传因素包括常染色体显性遗传相关肾囊肿（约70%肾囊肿有遗传倾向，常染色体显性多囊肾病由PKD1和PKD2基因等突变引起，后代有50%概率遗传致病基因）和常染色体隐性遗传相关肾囊肿（相对少见，父母均为致病基因携带者时子代有25%概率发病）；非遗传因素有年龄因素（40岁后肾囊肿发现概率渐升）、生活方式因素（长期高血压使肾囊肿发生率高30%，高盐、高蛋白饮食及吸烟均增加肾囊肿风险，吸烟者发生率高20%）、其他疾病影响（反复肾脏感染如肾盂肾炎会增加肾囊肿几率，糖尿病致肾脏微血管病变使肾囊肿发生率高40%）。
1.常染色体显性遗传相关肾囊肿：约70%的肾囊肿具有遗传倾向，其中常染色体显性多囊肾病是最常见的遗传性肾脏疾病相关囊肿类型。这种疾病是由特定基因的突变引起，如PKD1基因和PKD2基因发生突变时，会导致肾脏出现多个囊肿并逐渐进展，通常在30-50岁左右开始出现症状，但遗传自父母的基因缺陷从胚胎时期就已存在，使得肾脏发育过程中出现异常，逐步形成囊肿。例如，有家族史的人群，其后代有50%的概率遗传该致病基因，从而有患常染色体显性多囊肾病的风险。
2.常染色体隐性遗传相关肾囊肿：常染色体隐性多囊肾病相对少见，由基因缺陷导致，患儿在出生时或婴儿期即可出现症状，是由于胚胎发育过程中肾脏等器官的肾小管和集合管发育异常，导致囊肿形成，其遗传方式为父母双方均为致病基因携带者时，子代有25%的概率发病。
非遗传因素
1.年龄因素：随着年龄增长，肾脏结构和功能会发生生理性变化，肾小管憩室形成的概率增加，这是散发性肾囊肿形成的一个重要因素。一般在40岁以后，通过超声等检查发现肾囊肿的概率逐渐升高，据流行病学调查，50岁以上人群中约50%可发现肾囊肿，这可能与肾脏老化过程中局部肾小管的微小结构改变有关。
2.生活方式因素
高血压：长期高血压会使肾脏血管压力增高，影响肾脏的血流灌注和肾小球内压，导致肾小管等结构受损，增加肾囊肿形成的风险。有研究表明，高血压患者肾囊肿的发生率比血压正常人群高约30%，因为高血压会破坏肾脏的微循环，干扰肾脏的正常代谢和细胞功能，促使囊肿相关的病理改变发生。
不良饮食习惯：高盐饮食会加重肾脏的负担，影响肾脏的水盐代谢平衡，长期高盐饮食可能通过改变肾脏内环境，促进肾囊肿的形成。此外，过度摄入高蛋白食物，会增加肾脏滤过和代谢的负荷，也可能对肾脏结构产生不良影响，虽然目前具体机制尚不十分明确，但相关流行病学研究发现，饮食结构不合理的人群肾囊肿发生风险有上升趋势。
吸烟：吸烟产生的有害物质会影响全身血管的功能，包括肾脏血管，导致肾脏缺血缺氧，损伤肾脏细胞，进而影响肾脏的正常结构和功能，增加肾囊肿发生的可能性。有研究发现，吸烟者肾囊肿的发生率较不吸烟者高约20%，烟草中的尼古丁等成分会引起血管收缩，减少肾脏血流，长期作用下破坏肾脏的微观结构，为囊肿形成创造条件。
3.其他疾病影响
肾脏感染：反复的肾脏感染，如肾盂肾炎等，会引起肾脏组织的炎症反应，导致肾小管和周围组织损伤，炎症刺激可能促使囊肿形成。例如，慢性肾盂肾炎患者由于长期的炎症存在，肾脏局部的微环境改变，细胞的增殖和分化异常，增加了肾囊肿发生的几率。
代谢性疾病：糖尿病是常见的代谢性疾病，长期高血糖会导致肾脏微血管病变，影响肾小球的滤过功能和肾小管的重吸收功能，使肾脏处于高滤过状态，进而损伤肾脏结构，增加肾囊肿的发生风险。研究显示，糖尿病患者肾囊肿的发生率比非糖尿病患者高约40%，高血糖引起的氧化应激和糖基化终末产物的堆积等机制参与了肾脏病变和囊肿形成的过程。
