扁平疣部分可自行消退，免疫力正常人群中约30%-50%的疣体可在2年内自然消退，个体生活方式等会影响；若疣体持续增多或影响美观、婴幼儿、孕妇等特殊人群扁平疣持续存在且有增多趋势则需干预。
一、自行消退的情况
免疫力正常人群：对于免疫系统正常的人，部分扁平疣有自然消退的可能性。一般来说，病程可能会持续数月至2年左右，然后有一定比例的患者疣体可自行消退。研究表明，约有30%-50%的扁平疣患者的疣体可在2年内自然消退。这是因为人体自身的免疫系统在一定条件下能够识别并清除HPV病毒，从而使扁平疣消退。例如，青少年及儿童相对而言免疫系统处于发育阶段，部分扁平疣有自行消退的倾向，但具体消退时间因人而异。
特定个体差异：个体的身体状况、生活方式等因素也会影响扁平疣是否自行消退。比如，生活方式健康、作息规律、经常进行体育锻炼的人，身体免疫力相对较好，扁平疣自行消退的概率可能相对较高。而长期熬夜、过度劳累、精神压力过大等会影响免疫力的生活方式，则可能不利于扁平疣的自行消退。
二、需干预的情况
疣体持续增多或影响美观：如果扁平疣在较长时间内（如超过1年）没有自行消退，且疣体数量不断增多，或者分布在面部等明显影响美观的部位，通常需要进行干预治疗。因为持续增多的疣体可能会进一步扩散感染，影响皮肤的外观和患者的心理状态。
特殊人群：对于婴幼儿、孕妇等特殊人群，由于其身体状况较为特殊，扁平疣自行消退的情况需要谨慎对待。婴幼儿的免疫系统发育尚不完善，扁平疣自行消退的时间可能不确定，而且不当的处理可能会对婴幼儿皮肤造成损伤；孕妇的身体处于特殊的生理状态，使用某些治疗方法需要考虑对胎儿的影响，所以如果扁平疣在孕妇身上持续存在且有增多趋势，可能也需要在医生评估后进行适当干预，以避免病情进一步发展对孕妇的身心产生不良影响。
