婴儿肛周脓肿主要与局部卫生不佳、肛隐窝感染、尿布使用不当及全身性疾病影响等因素相关，局部卫生差会致污染物残留刺激皮肤使细菌侵入，婴儿抵抗力下降时肛隐窝内细菌易感染蔓延成脓肿，不透气尿布致肛周潮湿浸渍破损利于细菌滋生，全身性疾病致婴儿免疫力下降易引发肛周感染形成脓肿。
局部卫生因素：婴儿皮肤娇嫩，若不注意肛周清洁，粪便等污染物容易残留，刺激肛周皮肤，破坏局部皮肤的屏障功能，细菌容易侵入引发感染。例如，婴儿排便后若未能及时清洁肛周，粪便中的细菌就可能滋生繁殖，进而导致肛周感染，逐步发展为肛周脓肿。女婴由于生理结构特点，尿道口、阴道口与肛门距离较近，若不注意外阴及肛周清洁，也更易受肠道细菌影响引发肛周感染；男婴若存在包皮过长等情况，包皮内易积聚污垢，也可能增加肛周感染风险。
肛隐窝感染：肛隐窝是直肠与肛管交界处的一些小凹陷，容易积存粪便和细菌，当婴儿机体抵抗力下降时，肛隐窝内的细菌容易感染，炎症向周围组织蔓延，可形成肛周脓肿。婴儿免疫系统尚不完善，相对成人更容易出现机体抵抗力下降的情况，比如在感冒、腹泻等身体不适时，就可能增加肛隐窝感染引发肛周脓肿的几率。
尿布使用不当：长时间使用不透气的尿布或纸尿裤，会使婴儿肛周处于潮湿、不透气的环境中，皮肤容易发生浸渍，破损后利于细菌滋生。比如夏季气温高，婴儿出汗多，若尿布更换不及时，肛周皮肤长期被尿液、粪便浸泡，就容易破损，为细菌入侵创造条件，进而引发肛周脓肿。
全身性疾病影响：某些全身性疾病会影响婴儿的机体免疫力，使婴儿更容易发生感染性疾病，包括肛周脓肿。例如婴儿患有糖尿病等代谢性疾病时，血糖控制不佳会导致机体抵抗力下降，容易引发细菌感染，包括肛周感染形成脓肿；先天性免疫缺陷病的婴儿，自身免疫系统存在缺陷，对细菌等病原体的抵御能力弱，也容易出现肛周脓肿等感染情况。
