雌激素六项检查时间选择因检查目的和人群而异，了解卵巢基础功能一般在月经第2-5天，监测排卵在月经第10-12天等，青春期、育龄期、围绝经期女性检查时间各有特殊考虑。
基础状态检查：若要了解卵巢的基础功能，一般建议在月经来潮的第2-5天（月经见红第1天为第1天）进行检查，此时处于卵泡早期，能较好地反映卵巢的基础内分泌状态。对于月经长期不来潮且又急于了解检查结果的女性，可随时检查，此时默认为黄体期，结果可参照黄体期的参考值。
监测排卵情况：如果是为了监测排卵，可在月经周期的第10-12天开始监测卵泡刺激素和黄体生成素的水平，观察其峰值情况，一般当卵泡刺激素和黄体生成素达到高峰时，提示即将排卵。而孕酮检查则可在预计月经来潮前1周左右进行，了解黄体功能。
评估闭经情况：对于闭经的女性，若闭经时间较长，可随时检查；若闭经是由于妊娠相关原因导致，则不需要进行雌激素六项检查。
不同人群检查时间的特殊考虑
青春期女性：青春期女性月经周期尚不稳定，若因月经紊乱等情况需要检查雌激素六项，可根据具体月经情况选择合适时间。如果月经长时间不来潮，可按上述随时检查的情况处理。同时，青春期女性进行检查时，要注意检查环境的舒适，减轻其紧张情绪，因为紧张情绪可能会影响内分泌指标的结果。
育龄期女性：育龄期女性如果是为了评估不孕等情况进行雌激素六项检查，需根据具体的不孕排查阶段选择时间。比如在监测排卵时，严格按照月经周期的相应时间进行监测。对于有特殊病史的育龄期女性，如有多囊卵巢综合征病史等，检查时间可能需要更频繁地根据病情监测来调整。
围绝经期女性：围绝经期女性月经逐渐紊乱，检查雌激素六项时，可根据自身月经情况和潮热、盗汗等围绝经期症状出现的情况来选择时间。例如，当围绝经期症状明显时，可选择合适时间进行检查，以评估卵巢功能衰退的程度等情况。
