肛瘘形成主要因肛门腺感染蔓延至肛周形成脓肿破溃或引流后致管道经久不愈，直肠肛管外伤、医源性损伤可致细菌侵入感染成脓肿进而形成肛瘘，特异性炎症中结核杆菌、溃疡性结肠炎、克罗恩病可破坏组织或改变免疫状态促使肛瘘形成，婴幼儿因肛周护理不当易肛窦感染致脓肿发展为肛瘘，免疫功能低下人群如糖尿病患者及长期用免疫抑制剂者因抵抗力弱易发生肛瘘。
一、肛门腺感染
肛门腺开口于肛窦，肛窦形似漏斗且开口向上，易受粪便损伤及细菌侵入，从而引发感染。感染蔓延至肛门腺及其周围组织，形成肛周脓肿，当脓肿破溃或经切开引流后，原发病灶处管道经久不愈，便逐渐形成肛瘘。此为肛瘘形成的最主要原因，在各类肛瘘成因中占主导地位。
二、直肠肛管损伤
1.外伤因素：外界暴力等外伤可能直接损伤直肠肛管，使细菌得以侵入受损部位，引发感染，进而形成脓肿，最终发展为肛瘘。
2.医源性损伤：如吞咽异物（如骨头等）或进行肛门镜检查时操作不当，可能导致直肠肛管受损，细菌随之侵入感染，引发脓肿并形成肛瘘。
三、特异性炎症影响
1.结核杆菌感染：结核杆菌可侵袭直肠肛管周围组织，破坏正常组织结构，降低局部抵抗力，易引发感染并形成肛瘘。
2.溃疡性结肠炎：该病可累及直肠肛管，使肠道局部免疫及组织状态改变，增加细菌感染的易感性，进而促使肛瘘形成。
3.克罗恩病：属于肠道的慢性炎性肉芽肿性疾病，病变可累及直肠肛管，导致肠道及周围组织反复炎症、溃疡，最终引发肛瘘。
四、特殊人群因素
1.婴幼儿：肛周皮肤薄嫩，卫生护理若不恰当（如尿布更换不及时等），易导致肛窦感染，进而引发肛周脓肿，若未得到规范治疗则可能发展为肛瘘。
2.免疫功能低下人群：例如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，机体抵抗力下降，细菌易在直肠肛管周围组织定植、繁殖，增加感染风险，从而提高肛瘘形成的可能性；长期应用免疫抑制剂者，其自身免疫防御功能受抑制，对细菌感染的抵御能力减弱，也更易发生肛瘘。
