肛窦炎的引起与细菌感染、肛窦解剖因素、损伤因素相关，细菌感染因肛管细菌易侵入肛窦，不同人群因卫生、生活方式、肠道疾病等有不同感染风险；肛窦呈袋状开口向上致粪便细菌易积存；干硬粪便、肛门异物等损伤肛窦使细菌易侵入引发炎症，不同人群因相关生活方式或病史有不同损伤风险。
细菌感染：肛管部位的细菌容易侵入肛窦引发炎症。例如，大肠杆菌等常见肠道细菌可通过粪便污染等途径进入肛窦，从而导致感染。正常情况下，肛窦的解剖结构使得细菌容易在其中滋生繁殖，当机体抵抗力下降时，细菌更容易引发炎症反应。不同年龄段的人群都可能因细菌感染而患上肛窦炎，儿童由于卫生习惯相对较差等因素，也有一定的感染风险；而成年人如果不注意肛门局部卫生，也容易遭受细菌感染引发肛窦炎。性别方面，男女都可能患病，没有明显的性别差异。生活方式上，长期久坐、不爱运动的人，肛门局部血液循环不畅，有利于细菌滋生，增加了肛窦炎的发病几率；有不良排便习惯，如长期便秘或腹泻的人，粪便对肛窦的刺激增加，也容易引发肛窦炎。有肠道疾病病史的人群，如溃疡性结肠炎等，其肠道内环境改变，更易导致肛窦感染引发肛窦炎。
肛窦解剖因素：肛窦呈袋状，开口向上，粪便及细菌容易积存于肛窦中而不易排出，这就为炎症的发生提供了有利条件。婴儿的肛窦相对较浅，但也存在开口向上的特点，若护理不当，粪便等容易进入肛窦引发炎症；老年人肛窦的弹性等结构发生变化，也可能因肛窦的解剖特点导致炎症发生。性别对此因素影响不明显，生活方式中久坐等因素会加重肛窦内粪便等的积存，从而增加肛窦炎风险，有肛门直肠手术病史等的人群，可能因手术等原因改变了肛窦周围的解剖结构，更容易引发肛窦炎。
损伤因素：如干硬粪便、肛门异物等可损伤肛窦，从而使细菌易于侵入引发炎症。儿童如果误食异物，可能损伤肛窦导致炎症；成年人在工作等过程中如果有肛门异物损伤的情况，也可能引发肛窦炎。性别方面无明显差异，生活方式中不注意饮食导致粪便干硬的人，更容易因粪便损伤肛窦引发炎症，有肛门外伤病史的人群，肛窦更容易因损伤而引发炎症。
