儿童体温时高时低可由感染性因素中病毒（流感、呼吸道合胞病毒等感染）、细菌（化脓性扁桃体炎、肺炎等感染）引发，非感染性因素里自身免疫性疾病（幼年特发性关节炎）、恶性肿瘤（血液或实体肿瘤）、体温调节中枢发育不完善（婴幼儿多见）可致，环境因素中穿着过厚或室内温度过高也可能导致需排除疾病后恢复正常。
一、感染性因素
1.病毒感染：多种病毒引发的感染可致儿童体温时高时低，例如流感病毒感染，病毒在体内复制过程中刺激机体免疫系统，引发炎症反应，体温调节中枢受此影响出现波动。流感病毒感染时，患儿体温可在一天内随病毒复制及机体免疫应答的动态变化而多次升高下降；又如呼吸道合胞病毒感染，同样会因病毒对机体的持续刺激，导致体温调节中枢功能紊乱，呈现体温时高时低的现象。
2.细菌感染：当儿童发生细菌感染时，如化脓性扁桃体炎由A族链球菌感染引起，炎症部位的细菌及其代谢产物持续刺激机体，使得机体的免疫应答处于动态变化中，从而导致体温时高时低。例如肺炎链球菌引起的肺炎，炎症病灶处的病理变化不断影响体温调节机制，致使体温波动。
二、非感染性因素
1.自身免疫性疾病：以幼年特发性关节炎为例，患儿自身免疫系统攻击自身关节等组织，引发免疫紊乱，进而导致体温调节失衡。由于自身免疫反应的不稳定性，体温会呈现出时高时低的状态，且这种体温波动往往与疾病的活动程度相关。
2.恶性肿瘤：某些血液系统肿瘤（如白血病）或实体肿瘤，肿瘤细胞会产生生物活性物质，这些物质干扰体温调节中枢的正常功能，使得体温调节机制出现紊乱，从而引起儿童体温时高时低。例如神经母细胞瘤等肿瘤，其释放的物质可影响体温调节中枢对体温的调控。
3.体温调节中枢发育不完善：儿童尤其是婴幼儿的体温调节中枢尚未完全成熟，对体温的调控能力较弱。当体内存在轻微病理变化或受到外界因素（如环境温度、衣物穿着等）影响时，容易出现体温时高时低的情况。比如婴儿体温调节中枢对体温的精细调控能力不足，在感染轻微病原体时，就可能表现为体温波动。
三、其他因素
环境因素也可能导致儿童体温时高时低，若儿童穿着过厚或室内温度过高，会影响机体散热，使体温短暂升高，而适当减少衣物、调整室内温度后，体温又可有所下降，但这种情况多为暂时性且需排除疾病因素后可恢复正常。例如在炎热夏季，儿童穿着过多过厚的衣物，导致散热不畅，体温可能暂时升高，而及时调整后体温可回归正常范围。
