婴儿血管瘤发病机制尚不完全明确，主要与血管生成相关因子异常、胚胎发育异常、遗传因素、雌激素相关因素及环境因素相关，血管生成相关因子异常致其表达升高促血管内皮细胞增殖迁移，胚胎发育早期血管系统形成异常致血管内皮细胞异常增殖聚集，部分病例有家族聚集性提示遗传易感性，女性婴儿发生率高及体内雌激素水平变化影响提示雌激素参与，孕期不良因素可能干扰胚胎血管发育增加风险但需更多研究证实。
1.血管生成相关因子异常：血管内皮生长因子（VEGF）等血管生成相关因子在婴儿血管瘤的发生发展中起重要作用。研究发现，婴儿血管瘤组织中VEGF等因子表达升高，这些因子可促进血管内皮细胞增殖、迁移，从而导致血管瘤的形成。例如，有研究通过免疫组化等方法检测婴儿血管瘤组织和正常皮肤组织中VEGF的表达，发现血管瘤组织中VEGF表达显著高于正常皮肤组织，提示VEGF参与了婴儿血管瘤的血管生成过程。
2.胚胎发育异常：在胚胎发育早期，血管系统的形成出现异常可能与婴儿血管瘤的发生有关。胚胎时期血管生成调控机制的紊乱，可能导致血管内皮细胞异常增殖和聚集，进而形成血管瘤。比如，胚胎发育过程中某些信号通路的异常激活或抑制，影响了血管的正常分化和构建，使得局部血管组织异常增生形成血管瘤。
3.遗传因素：部分研究表明遗传因素可能在婴儿血管瘤的发病中起到一定作用。有家族聚集性的婴儿血管瘤病例报道，提示遗传易感性可能参与其中。虽然具体的遗传机制尚未完全阐明，但已发现一些基因的突变或多态性与婴儿血管瘤的发生相关，例如某些血管生成相关基因的变异可能增加婴儿患血管瘤的风险。
4.雌激素相关因素：婴儿血管瘤在女性婴儿中的发生率相对较高，且在青春期、妊娠期等体内雌激素水平变化较大的时期，血管瘤可能出现增大等变化，提示雌激素可能与婴儿血管瘤的发生发展有关。雌激素可能通过作用于血管内皮细胞上的雌激素受体，促进血管内皮细胞增殖和血管生成，从而参与婴儿血管瘤的形成。例如，动物实验发现给予雌激素处理的实验动物出现类似婴儿血管瘤的血管增生表现。
5.环境因素：虽然环境因素在婴儿血管瘤发病中的具体作用尚不十分明确，但一些研究提示可能存在相关影响。例如，孕期的一些不良因素，如母亲在孕期的感染、接触某些化学物质等，可能对胚胎血管发育产生干扰，增加婴儿患血管瘤的风险。不过，目前关于环境因素与婴儿血管瘤发病的确切关联还需要更多大规模、深入的研究来证实。
