HPV疫苗常见轻微副作用有接种部位疼痛红肿瘙痒、低热等，1-2天可自行缓解；相对少见较严重副作用有过敏反应等，概率极低；不同人群接种副作用有差异，年龄上青少年与成人无本质差异但青少年反应可能稍明显，儿童有接种年龄限制，性别对副作用影响不大，特殊人群中过敏史者需评估，患病严重者暂缓，孕妇不建议接种，哺乳期女性接种后一般可继续哺乳但建议咨询医生。
hpv疫苗接种后常见一些轻微副作用，如接种部位可能出现疼痛、红肿、瘙痒等，一般在接种后的1-2天内出现，多数可自行缓解，这是因为疫苗作为外来物质刺激局部机体产生免疫反应所致。还有部分接种者可能出现发热症状，体温多为低热，即体温在37.5-38.5℃左右，通常持续1-2天也可自行消退，这是机体免疫系统对疫苗产生应答的一种表现。
相对少见的较严重副作用
虽然较为少见，但也有出现过敏反应的可能，严重过敏反应可表现为呼吸困难、面色苍白、心跳加快、血压下降等。不过这种情况发生概率极低，据相关大规模临床研究统计，其发生率约为百万分之几。另外，极个别接种者可能出现头痛、乏力、肌肉酸痛等全身不适症状，一般也会在较短时间内缓解。
不同人群接种hpv疫苗副作用的差异
年龄因素：青少年接种hpv疫苗后的副作用与成年人在表现上无本质差异，但青少年的免疫系统发育尚不完全成熟，在接种后可能对疫苗的反应稍有不同。例如，部分青少年可能出现的发热等症状可能相对成年人稍明显一些，但总体仍在可耐受的轻微反应范畴内。而对于儿童，目前hpv疫苗接种有年龄限制，在适宜接种年龄范围外的儿童不建议接种，因为儿童免疫系统与成人不同，过早接种可能带来未知风险，且低于适宜年龄接种的免疫应答效果可能不佳。
性别因素：性别对hpv疫苗副作用的影响不大，男性和女性接种hpv疫苗后出现的常见副作用类型和发生率基本相似。不过男性接种hpv疫苗主要是预防肛门癌等疾病，其副作用表现与女性接种预防宫颈癌等疾病的副作用无明显性别特异性差异。
特殊人群：对于有过敏史的人群，尤其是对疫苗成分过敏的人群，接种hpv疫苗可能会引发严重过敏反应，这类人群接种前需详细告知医生过敏史，由医生评估是否可以接种。对于正在患有严重疾病，如急性发热性疾病的人群，应暂缓接种hpv疫苗，待疾病康复后再考虑接种，因为此时接种可能会加重身体不适，且影响疫苗的免疫效果。而对于孕妇，目前不建议接种hpv疫苗，因为孕妇接种hpv疫苗对胎儿的影响尚不明确，为了安全起见，孕妇应避免接种，哺乳期女性接种hpv疫苗后，一般可以继续哺乳，但也建议在接种前咨询医生，密切观察自身和婴儿的情况。
