肛门囊肿有局部和全身症状。局部症状包括肛门周围肿胀有大小不一、边界不清的包块，合并感染时包块触痛，有胀痛或跳痛且感染时加剧，还会致排便不尽、困难、大便变细；全身症状有合并感染时发热，体温可低可高，以及因炎症消耗出现乏力，影响不同人群的日常活动。
肛门囊肿有局部和全身症状。局部症状包括肛门周围肿胀有大小不一、边界不清的包块，合并感染时包块触痛，有胀痛或跳痛且感染时加剧，还会致排便不尽、困难、大便变细；全身症状有合并感染时发热，体温可低可高，以及因炎症消耗出现乏力，影响不同人群的日常活动。
肿胀与包块：肛门周围可出现肿胀，能触摸到质地较软或较硬的包块，大小不一，小的可能如黄豆，大的可如鸡蛋甚至更大。包块通常边界不太清晰，随着病情发展，包块可能会逐渐增大，若合并感染，包块会有触痛。对于儿童患者，由于其身体各方面较为敏感，肛门囊肿引起的肿胀包块可能会影响其坐立等日常活动，表现出烦躁不安等情况；而成年患者可能会因包块的存在感到肛门部位有异物感，影响行走和坐姿。
疼痛：一般为胀痛或跳痛。在囊肿较小且未感染时，疼痛可能较轻；当囊肿发生感染时，疼痛会明显加剧，呈持续性跳痛，尤其是在行走、排便或坐下时，疼痛可能会刺激到周围神经，导致疼痛放射至臀部、会阴部等区域。女性患者在生理期时，身体敏感度增加，可能会感觉肛门囊肿的疼痛相对更明显；老年患者由于身体机能下降，对疼痛的耐受程度可能有所不同，但其疼痛带来的不适同样需要关注。
排便异常：部分患者会出现排便不尽感，总感觉肛门处有粪便残留，排便时可能会感到困难，大便可能变细，这是因为囊肿增大压迫直肠所致。对于儿童患者，可能会出现排便习惯改变，如原本规律的排便变得不规律，可能出现便秘或偶尔腹泻的情况；成年女性在孕期时，由于盆腔压力增加，肛门囊肿引起的排便异常可能会更加明显，需要特别注意保持排便通畅。
全身症状
发热：当肛门囊肿合并感染时，身体会出现炎症反应，从而导致发热。体温可呈低热，一般在37.5℃-38℃左右，也可能出现高热，体温超过38.5℃。儿童患者的体温调节中枢尚未发育完善，感染后更容易出现高热情况，且高热可能会引起惊厥等严重后果，需要密切监测体温变化；老年患者发热时，由于其机体免疫力相对较低，病情变化可能较快，需要及时就医处理。
乏力：由于身体处于炎症状态，消耗增加，患者会感到全身乏力，精神不振。无论是儿童、成年还是老年患者，都会出现不同程度的乏力表现，影响日常生活和活动能力。儿童可能会表现出玩耍兴趣降低，活动量减少；成年患者可能会出现工作效率下降，日常家务劳动难以完成等情况；老年患者则可能在行走、自理等方面受到明显影响。
