肛瘘主要由肛周脓肿、结核杆菌感染、直肠肛管外伤、克罗恩病、溃疡性结肠炎等因素引起，其中肛周脓肿是最常见原因，不同病因对应不同人群及情况，如婴幼儿、长期久坐等人群易因肛周脓肿致肛瘘，有结核病史等人群需警惕结核杆菌感染致肛瘘，从事高危职业等人群要防直肠肛管外伤致肛瘘，有克罗恩病、溃疡性结肠炎病史人群需关注肛周病变致肛瘘。
肛周脓肿：肛管直肠周围脓肿是肛瘘最常见的原因。肛腺感染后炎症蔓延，形成脓肿，脓肿自行破溃或经切开引流后，脓腔壁形成纤维化的管道，即肛瘘。例如，当肛腺受到大肠杆菌等细菌感染时，炎症逐渐扩散，可先形成肛周脓肿，若脓肿处理不及时或不恰当，就容易发展为肛瘘。不同年龄段人群都可能发生肛周脓肿进而导致肛瘘，婴幼儿由于肛周组织发育不完善等因素，也有发生肛周脓肿后发展为肛瘘的可能，但相对成人比例较低；生活方式方面，长期久坐、不注意肛周卫生等人群，肛腺感染风险增加，更易引发肛周脓肿及后续肛瘘；有克罗恩病等病史的患者，本身肠道免疫等功能异常，发生肛周脓肿进而发展为肛瘘的几率也会升高。
结核杆菌感染：结核杆菌感染也可引起肛瘘。结核杆菌可侵犯肛周组织，导致组织破坏形成瘘管。这种情况相对较为少见，但在有结核病史或结核接触史的人群中需考虑。例如，既往有肺结核病史的患者，结核杆菌可能通过血行播散等途径到达肛周，引起肛周结核病变，进而发展为肛瘘。不同年龄人群均可发生，生活方式对其影响相对较小，但有结核病史人群需密切关注肛周情况。
直肠肛管外伤：直肠肛管部位的外伤，如锐器伤、钝器伤等，可导致肠道内容物等污染肛周组织，引发感染，进而形成肛瘘。比如，会阴部受到重物撞击等外伤后，若处理不当，就可能引起肛周感染，逐步发展为肛瘘。各年龄段均可因外伤导致，生活方式中从事高危职业（如建筑工人等易发生外伤的职业）人群风险相对较高，有明确直肠肛管外伤病史的人群需警惕肛瘘的发生。
克罗恩病：克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位，当累及肛周时，容易出现肛周脓肿、肛瘘等并发症。这是因为克罗恩病导致肠道免疫调节失衡，肠道炎症蔓延至肛周，破坏组织形成瘘管。任何年龄均可发病，生活方式对其影响主要在于整体健康管理，有克罗恩病病史的患者需要密切监测肛周情况，因为该病容易导致肛周病变。
溃疡性结肠炎：溃疡性结肠炎是结肠和直肠的慢性非特异性炎症性疾病，病情活动时炎症也可能波及肛周，引起肛周脓肿、肛瘘等。其发病机制与肠道免疫紊乱有关，炎症从直肠向上蔓延，波及肛周组织导致感染形成肛瘘。各年龄段均可发病，有溃疡性结肠炎病史的人群需关注肛周状况，生活方式中合理控制结肠炎病情发展对降低肛瘘发生风险有一定帮助。
