肛瘘的症状分为局部和全身症状，局部症状包括流脓（新肛瘘流脓多且浓稠臭，随时间减少变稀薄，不同年龄段流脓情况有别）、肿痛（通常不明显，引流不畅时胀痛，急性炎症期更明显，不同性别在特定情况可加重）、肿块（可摸到条索状硬块，长期久坐和有肛周感染史者更明显复杂）、瘙痒（脓液刺激致瘙痒，糖尿病和肥胖患者更易有并发症）；全身症状有发热（急性炎症期等情况出现，儿童更明显、体质虚弱者恢复慢）、消瘦和贫血（长期发作患者出现，影响儿童发育、加重老年患者负担）。特殊人群如儿童、孕妇、老年患者、有免疫缺陷疾病者需特别注意，应分别采取合适的治疗方式。
一、局部症状
1.流脓：这是肛瘘最常见的症状。新形成的肛瘘流脓较多，质地浓稠，颜色黄且有臭味；随着时间推移，瘘管逐渐成熟，脓液会减少，变得稀薄。若外口暂时封闭，脓液积聚，可出现局部胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近形成新的外口。不同年龄段患者，因身体代谢和恢复能力不同，流脓情况也有差异。儿童肛瘘相对形成时间短，初期流脓可能较频繁，但随着身体恢复可能较快改善；老年患者身体机能下降，恢复慢，流脓症状可能持续时间较长。
2.肿痛：通常不明显。当脓液积存于管腔内引流不畅时，会出现局部胀痛，且有明显压痛，脓液流出后疼痛会缓解。急性炎症期，肿痛症状会更明显。男性患者由于活动量相对较大，若肛瘘处于急性炎症期，活动时可能因摩擦等加重肿痛；而女性患者在经期，由于身体抵抗力下降，也可能使肛瘘肿痛症状加重。
3.肿块：大部分患者可在肛周摸到条索状硬块，这是由瘘管管壁和纤维组织增生形成。肿块大小和硬度因肛瘘情况而异。长期久坐的患者，局部血液循环不畅，肿块可能更明显，且不易消退；有肛周感染病史的患者，肿块形成的可能性更大，且可能更复杂。
4.瘙痒：由于脓液不断刺激肛周皮肤，可引起瘙痒，患者常不自觉搔抓，导致肛周皮肤变色、表皮脱落，有时还会出现湿疹。糖尿病患者因血糖高，皮肤抵抗力差，更容易出现肛周皮肤瘙痒和湿疹等并发症；肥胖患者肛周脂肪较多，局部透气性差，也会加重瘙痒症状。
二、全身症状
1.发热：一般在急性炎症期或有复杂性肛瘘、蹄铁形肛瘘时，患者会出现发热症状，体温可高达38℃40℃。儿童体温调节中枢发育不完善，发热可能更明显，且容易出现高热惊厥等并发症；体质虚弱的患者，发热后恢复也相对较慢。
2.消瘦、贫血：长期反复发作的肛瘘患者，由于慢性炎症消耗，可出现消瘦、贫血等症状。儿童患者若长期受肛瘘影响，可能会影响生长发育；老年患者本身身体储备能力差，消瘦和贫血会进一步加重身体负担。
特殊人群需要特别注意。儿童患者用药需谨慎，很多药物有年龄限制，应优先采用非药物干预方法，如调整饮食保持大便通畅等。孕妇患者在治疗肛瘘时，要充分考虑对胎儿的影响，避免使用可能对胎儿有不良影响的药物和治疗方法。老年患者身体机能差，合并其他基础疾病的可能性大，治疗时要综合考虑身体状况，制定个性化的治疗方案。有免疫缺陷疾病的患者，由于自身抵抗力低，肛瘘治疗难度更大，恢复更慢，需在提高免疫力的基础上进行治疗。
