肛瘘的病因主要包括：肛周脓肿发展，肛窦堵塞致细菌侵入肛腺引发肛腺炎蔓延成肛周脓肿，自行破溃或切开引流后形成管道即肛瘘，青少年及青壮年因肛腺活跃更易出现；特异性感染因素，结核分枝杆菌感染可致慢性感染性病变形成肛瘘且病程长、炎症隐匿，克罗恩病累及直肠肛管引发肠道慢性炎症等病变易致肛瘘且常伴肠道其他症状；医源性因素，直肠肛管手术操作不当、术后感染控制不佳或内镜检查粗暴致黏膜损伤未妥善处理可引发肛瘘；生活方式相关因素，久坐影响肛周血液循环致抵抗力下降易感染，便秘损伤肛窦、腹泻刺激肛周易致肛窦感染，有肛周脓肿既往史或患糖尿病等基础病者易形成肛瘘。
一、肛周脓肿发展是主要病因
肛窦是肛腺的开口部位，正常情况下肛窦可分泌黏液润滑肠道，但当粪便等堵塞肛窦时，细菌易侵入肛腺引发肛腺炎，炎症向肛周间隙蔓延形成肛周脓肿。若肛周脓肿自行破溃或经切开引流后，脓腔壁逐渐纤维化形成管道，管道一端为内口（多位于肛窦处），另一端为外口（位于肛周皮肤），从而形成肛瘘。这一过程中，感染的持续扩散及组织的修复纤维化是关键机制，青少年及青壮年因肛腺活跃等因素相对更易出现肛周脓肿进而发展为肛瘘。
二、特异性感染因素
（一）结核分枝杆菌感染
结核分枝杆菌可侵犯直肠肛管组织，引发慢性感染性病变，破坏组织正常结构与修复过程，导致肛瘘形成。此类肛瘘往往病程较长，炎症表现相对隐匿，与一般细菌感染导致的肛瘘在临床表现及治疗上有一定差异，患者多有结核病史或接触史，机体免疫状态受结核杆菌影响是重要诱因。
（二）克罗恩病影响
克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道任何部位，当累及直肠肛管时，肠道的慢性炎症、溃疡、纤维化等病变可累及肛周组织，破坏局部正常解剖结构与免疫平衡，容易引发肛瘘。其发病机制与肠道免疫异常介导的炎症持续损伤相关，患者除肛瘘表现外，常伴有肠道其他部位的症状，如腹痛、腹泻等。
三、医源性因素
在直肠肛管手术过程中，若操作不当导致直肠肛管组织损伤，且术后感染控制不佳，可能引发肛瘘。例如，直肠息肉切除术、肛瘘手术等操作时，若对组织的处理不精细，或术后创面受到污染，炎症蔓延可形成肛瘘。另外，内镜检查如结肠镜检查时，若操作粗暴造成直肠肛管黏膜损伤，若未得到妥善处理，也有引发肛瘘的风险，此类医源性肛瘘相对有明确的医疗操作相关病史。
四、生活方式相关因素
（一）久坐与肛周局部血液循环
长期久坐会影响肛周局部血液循环，使肛周组织抵抗力下降，易受细菌侵袭引发感染。例如，某些职业需长时间久坐的人群，如办公室职员等，相较于活动量较大的人群，肛周感染风险相对升高，增加了肛瘘发生的可能性。
（二）便秘与腹泻的影响
便秘时，干结的粪便容易损伤肛窦，导致肛窦感染，进而引发肛腺炎，最终可能发展为肛瘘；而腹泻时，肠道分泌物频繁刺激肛周皮肤及肛窦，也易造成肛窦感染，破坏肛周组织的正常状态，为肛瘘的发生创造条件。儿童若存在长期便秘或腹泻，由于其肛周组织相对娇嫩，更易受损伤引发感染，需特别关注。
（三）基础病史影响
有肛周脓肿既往病史者，其肛周组织已处于感染损伤后的修复状态，再次感染或组织修复异常时，更容易形成肛瘘。对于患有糖尿病等基础疾病的人群，由于机体免疫力相对低下，抗感染能力较弱，发生肛周感染后更易发展为肛瘘，且病情可能更复杂，治疗难度相对增大。
