手术时，医生会通过腰麻、骶麻或局麻等方式阻断疼痛信号传导，确保患者在麻醉状态下完成操作，因此手术过程中患者不会感到明显疼痛。
然而，术后麻醉效果消退后，肛门区域的切口和创面会因神经刺激产生疼痛，尤其在排便、换药或久坐时可能加重。疼痛程度因人而异，与手术方式（如瘘管切除、挂线疗法）、个人痛阈及术后护理密切相关。
为缓解疼痛，医生会开具止痛药，并建议术后保持大便通畅、避免剧烈运动，同时可通过温水坐浴、局部理疗等方式促进伤口愈合，减轻不适。多数患者术后3-5天疼痛逐渐减轻，完全恢复需数周至数月。
总体而言，肛瘘手术的疼痛在可控范围内，患者无需过度恐惧。若对疼痛敏感，可提前与医生沟通，制定个体化镇痛方案，以更舒适地度过恢复期。
