肛瘘一般必须手术治疗，非手术方法无法根治，仅能缓解症状。
肛瘘由内口、瘘管、外口组成，内口位于直肠或肛管内，外口在肛周皮肤，瘘管连接两者，常因肛周脓肿破溃后形成。瘘管内壁为肉芽组织和瘢痕，会持续分泌脓液，非手术治疗（如坐浴、抗生素）只能暂时控制感染，无法消除内口和瘘管，易反复发作，甚至形成复杂性肛瘘（多个瘘管或内口）。
手术是治愈肛瘘的唯一方法，目的是切开或切除瘘管，找到并处理内口，促进创面愈合。低位肛瘘可采用瘘管切开术，高位肛瘘需用挂线疗法（避免损伤肛门括约肌导致失禁）。术后需定期换药保持创面清洁，预防假性愈合。若因身体状况，如严重心脏病无法手术，可通过局部护理（如温水坐浴）减少感染频率，但无法根治。肛瘘拖延治疗会增加手术难度，早期手术创伤小、恢复快，多数患者术后能恢复正常肛门功能。
