肛瘘手术在小医院进行存在一定风险，相对大型正规医院风险更高。
肛瘘手术虽不算大型手术，但对医生的技术水平、医院的设备条件和术后护理要求较高。小医院可能存在一些风险，一是技术水平有限，肛瘘的内口定位、瘘管走向判断是手术成功的关键，经验不足的医生可能无法准确找到内口或处理复杂瘘管，导致术后复发率升高；二是设备不完善，小医院可能缺乏先进的检查设备，术前难以全面评估病情，增加手术难度和风险；三是感染控制不佳，小医院的手术室消毒条件、术后换药环境可能不达标，容易引发术后感染，延长愈合时间，甚至导致脓肿等严重并发症；四是术后并发症处理能力不足，如果术后出现出血、肛门失禁等并发症，小医院可能缺乏有效的应对措施，延误治疗。
因此，建议选择正规的大医院进行肛瘘手术，这些医院医生经验丰富、设备齐全、感染控制严格，能有效降低手术风险。
