肛瘘的典型症状可归纳为反复肛周流脓、肛周疼痛、肛周瘙痒、局部体征、全身症状等。
1.反复肛周流脓
反复肛周流脓，肛瘘的典型症状，瘘管外口持续或间断流出少量脓性、血性或黏液性分泌物，污染内裤。如果外口暂时闭合，脓液积聚可导致局部胀痛，闭合口破溃后再次流脓，反复发作难以自愈。
2.肛周疼痛
肛周疼痛，瘘管通畅时疼痛较轻，仅感局部坠胀或不适；如果外口堵塞、脓液引流不畅，可出现明显胀痛或跳痛，排便时因肛门括约肌收缩，疼痛加剧，严重时影响行走。
3.肛周瘙痒
肛周瘙痒，由于分泌物刺激肛周皮肤，导致皮肤潮湿、瘙痒，长期可引发肛周湿疹，表现为皮肤增厚、苔藓样变，甚至因搔抓形成皮肤破损或继发感染。
4.局部体征
局部体征，肛门周围可见单个或多个外口，呈红色乳头状突起，挤压时有脓液或血性分泌物溢出；部分患者可在肛周触及条索状硬结，自外口通向肛门内，按压时可有压痛。
5.全身症状
全身症状，单纯性肛瘘一般无全身症状，复杂性肛瘘或急性炎症期，可出现发热、寒战、乏力等全身感染表现；长期反复发作可能导致消瘦、贫血、精神萎靡等慢性消耗症状。
