支原体为无细胞壁原核微生物有肺炎支原体等致呼吸道或泌尿生殖道感染，衣原体为革兰阴性病原体有沙眼衣原体等感染部位因种类异，支原体呼吸道感染起病缓有刺激性干咳等，泌尿生殖道感染有尿频尿急等，衣原体呼吸道感染有咽炎等，泌尿生殖道感染有尿道分泌物增多等，支原体检测用核酸扩增等，衣原体检测用直接涂片等，支原体感染首选大环内酯类，衣原体感染也可选用，儿童用药遵儿科原则，孕妇衣原体感染选影响小药物且需遵医嘱。
一、病原体与感染部位差异
支原体是无细胞壁的原核微生物，常见致病类型有肺炎支原体（主要引发呼吸道感染）、解脲脲原体等（可致泌尿生殖道感染）；衣原体为革兰阴性病原体，包含沙眼衣原体（可引起沙眼、泌尿生殖道感染等）、肺炎衣原体（主要累及呼吸道）等，感染部位因种类而异，如肺炎衣原体多致呼吸道感染，沙眼衣原体易引发眼部及泌尿生殖道感染。
二、临床表现差异
支原体呼吸道感染起病较缓，以刺激性干咳为突出表现，可伴发热、咽痛等；泌尿生殖道感染表现为尿频、尿急、尿道刺痛等。衣原体呼吸道感染可出现咽炎、支气管炎等，症状相对轻，也有咳嗽表现；泌尿生殖道感染可见尿道分泌物增多、尿痛，女性可能有宫颈炎等。
三、实验室检查差异
支原体检测可通过核酸扩增试验（PCR）检测其核酸，血清学检查中支原体IgM抗体升高提示近期感染；衣原体检测可采用直接涂片找包涵体、PCR检测核酸等，血清学检查中衣原体特异性抗体变化辅助诊断。
四、最佳药物治疗方案
支原体感染首选大环内酯类抗生素，如阿奇霉素等；衣原体感染也可选用大环内酯类药物。特殊人群方面，儿童使用抗生素需遵循儿科安全原则，避免使用不适合儿童的药物；孕妇衣原体感染需选择对胎儿影响小的药物，如孕妇可考虑使用红霉素等，但需在医生指导下用药。
