胚胎停止发育可因年轻女性自身染色体数目或结构异常破坏基因调控致无法正常发育而起，也可因患甲状腺功能减退或未良好控糖的糖尿病干扰发育关键环节或影响营养供应所致，还可因长期吸烟酗酒影响胎盘血供或胚胎细胞分裂分化引发，更可因有多次胎停史致自身免疫抗体攻击或子宫解剖结构异常致子宫内环境不利着床发育而出现。
一、染色体异常相关的胚胎停止发育
年轻女性若存在染色体数目或结构异常，例如女性21号染色体三体等情况，受精卵形成后可能出现胚胎发育停止。此类情况中胚胎自身染色体异常是主要原因，约占早期胚胎停止发育的50%-60%，这是由于染色体异常会破坏胚胎正常发育的基因调控机制，导致胚胎无法正常生长发育进而停止。
二、内分泌因素相关的胚胎停止发育
患有甲状腺功能减退的孕妇，甲状腺激素水平异常会影响胚胎的正常发育，导致胚胎停止发育。研究显示甲状腺功能减退孕妇胚胎停止发育的发生率高于甲状腺功能正常的孕妇。因为甲状腺激素对胚胎的生长、分化等过程起着重要调节作用，激素水平异常会干扰胚胎发育的关键环节；此外，患有糖尿病未良好控制血糖的孕妇，高血糖环境会影响胎盘血管的功能，进而影响胚胎的营养供应，也容易引发胚胎停止发育。
三、生活方式因素相关的胚胎停止发育
长期吸烟的女性，烟草中的有害物质会影响胎盘的血供和胚胎的营养供应，增加胚胎停止发育的风险。有研究表明吸烟女性怀孕后胚胎停止发育的概率比不吸烟女性高；长期酗酒的女性，酒精会通过胎盘影响胚胎细胞的正常分裂和分化，导致胚胎发育异常甚至停止发育，酒精对胚胎的毒性作用会干扰胚胎发育的多个阶段。
四、既往孕史因素相关的胚胎停止发育
有过多次胚胎停止发育史的女性，再次妊娠时由于自身免疫等多方面因素，胚胎停止发育的可能性增加。可能与自身免疫抗体产生等情况有关，例如既往胚胎停止发育后，女性体内可能产生针对胚胎的自身免疫抗体，再次妊娠时这些抗体可能攻击胚胎组织，导致胚胎停止发育；此外，子宫解剖结构异常的女性，如子宫畸形等，既往有胚胎停止发育史，再次妊娠时子宫内环境不利于胚胎着床和发育，也容易出现胚胎停止发育。
